MirGeneDB ID | Xla-Mir-192-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-192 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGACCUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xla-mir-192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-192-P1a Xla-Mir-192-P1b Xla-Mir-192-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-192-P2 Bta-Mir-192-P2 Cfa-Mir-192-P2 Cpi-Mir-192-P2 Cpo-Mir-192-P2 Dno-Mir-192-P2 Ete-Mir-192-P2 Gja-Mir-192-P2 Hsa-Mir-192-P2 Loc-Mir-192-P2 Mml-Mir-192-P2 Mmu-Mir-192-P2 Mun-Mir-192-P2 Oan-Mir-192-P2 Ocu-Mir-192-P2 Rno-Mir-192-P2 Sha-Mir-192-P2 Spt-Mir-192-P2 Xtr-Mir-192-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030730.1: 23107083-23107143 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-192-P2c) |
Mir-194-P2c
NC_030730.1: 23104037-23104095 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-192-P2c NC_030730.1: 23107083-23107143 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAUAGAGAGAGGAAGAGAGUGUACGGGCCUAUGACCUAUGAAUUGACAGCCAGUGGAUGUACAGUCUGCCUGUCAAUUCUGUAGGCCACAGGUUCGUCCACCUUGUUGCUAUACACAAAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAUAGAGAGAGGAAGAGA-- U A A -| C GUGGAU GUG ACGGGCCU UG CCUAU GAAUUGACAG CA G CAC UGCUUGGA AC GGAUG CUUAACUGUC GU U AAAAACACAUAUCGUUGUUC C C C U^ C CUGACA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Xla-Mir-192-P2c_5p |
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mirBase accession | MIMAT0046504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUGACCUAUGAAUUGACAGCCA -22
Get sequence
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Star sequence | Xla-Mir-192-P2c_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0046505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CCUGUCAAUUCUGUAGGCCACAG -61
Get sequence
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