MirGeneDB ID | Xbo-Mir-252-P2h | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-252 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Xenoturbella (Xenoturbella bocki) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xbo-Mir-252-P1g Xbo-Mir-252-P1h Xbo-Mir-252-P1i Xbo-Mir-252-P2g | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-252-P2 Bfl-Mir-252-P2 Bge-Mir-252-P2-v1 Bge-Mir-252-P2-v2 Bla-Mir-252-P2 Cbr-Mir-252-P2 Cel-Mir-252-P2 Cgi-Mir-252-P2 Csc-Mir-252-P2 Cte-Mir-252-P2 Dan-Mir-252-P2-v1 Dan-Mir-252-P2-v2 Dma-Mir-252-P2 Dme-Mir-252-P2-v1 Dme-Mir-252-P2-v2 Dmo-Mir-252-P2-v1 Dmo-Mir-252-P2-v2 Dpu-Mir-252-P2-v1 Dpu-Mir-252-P2-v2 Dsi-Mir-252-P2-v1 Dsi-Mir-252-P2-v2 Dya-Mir-252-P2-v1 Dya-Mir-252-P2-v2 Hme-Mir-252-P2 Isc-Mir-252-P2-v1 Isc-Mir-252-P2-v2 Lan-Mir-252-P2 Lgi-Mir-252-P2 Npo-Mir-252-P2 Pfl-Mir-252-P2 Pmi-Mir-252-P2 Sko-Mir-252-P2 Spu-Mir-252-P2 Tca-Mir-252-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. bocki | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Xbocki_plus) |
3C-assembly_contig_130: 1784-1844 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAGCUGUGACAGUGGCUAGGGUUGACUGUUUUAAGUAGUAAUGCUGCAGGUAGUUGAUAUUUAAUAUAUACCUACACACUGCUGCUUAGGAACAGUUUAACCUCUAAUAACAUCAAUAUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GAGCUGUGACAGUGGCUA - -| A C C UAGUUGAUA GGGUU GACUGUU UUAAGUAGUA UG UG AGG U UCCAA UUGACAA GAUUCGUCGU AC AC UCC U CUUAUAACUACAAUAAUC U G^ C - A AUAUAUAAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Xbo-Mir-252-P2h_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUAAGUAGUAAUGCUGCAGG -20
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Xbo-Mir-252-P2h_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- UACACACUGCUGCUUAGGA -61
Get sequence
|