MirGeneDB ID | Tca-Mir-279-o23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tca-mir-279c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tca-Mir-279-o21 Tca-Mir-279-o22 Tca-Mir-279-o24 Tca-Mir-279-o25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bpl-Mir-279 Cgi-Mir-279 Esc-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tcas5.2) |
LG3: 15690069-15690126 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-o23) |
Mir-3841
LG3: 15689576-15689634 [+]
Ensembl
Mir-3840 LG3: 15689698-15689754 [+] Ensembl Mir-9-o8 LG3: 15689817-15689876 [+] Ensembl Mir-2-P10a LG3: 15689938-15689994 [+] Ensembl Mir-279-o23 LG3: 15690069-15690126 [+] Ensembl Mir-3843 LG3: 15690171-15690228 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAAUUUCGCCGCUUAAAUUCAUAUUUUUUUCGGGUGUUCGUUUCGAGUCACAUUGUGAUUGAUUUUGUGACUAGAUCGAACAUUCGCUCGAAGUAUGGAAAAAUCCGCGGGACUUGUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GAAUUUCGCCGCUUAAA--| UUU UU G UUGUGA UUCAUAUUUU CGGGUGUUCG UC AGUCACA \ AGGUAUGAAG GCUUACAAGC AG UCAGUGU U GUGUUCAGGGCGCCUAAAA^ CUC U- A UUUAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tca-Mir-279-o23_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0018730 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGGGUGUUCGUUUCGAGUCACA -22
Get sequence
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Mature sequence | Tca-Mir-279-o23_3p |
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mirBase accession | MIMAT0018731 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UGACUAGAUCGAACAUUCGCU -58
Get sequence
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