MirGeneDB ID | Pbv-Mir-192-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-192 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGACCUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Burmese python (Python bivittatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pbv-mir-215 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-192-P1 Ami-Mir-192-P1 Bta-Mir-192-P1 Cfa-Mir-192-P1 Cli-Mir-192-P1 Cmi-Mir-192-P1 Cpi-Mir-192-P1 Cpo-Mir-192-P1 Dno-Mir-192-P1 Ebu-Mir-192-o1 Ete-Mir-192-P1 Gga-Mir-192-P1 Gja-Mir-192-P1 Hsa-Mir-192-P1 Lch-Mir-192-P1 Mdo-Mir-192-P1 Mml-Mir-192-P1 Mmu-Mir-192-P1 Mun-Mir-192-P1 Oan-Mir-192-P1 Oan-Mir-192-P1-as Ocu-Mir-192-P1 Pma-Mir-192-o1 Rno-Mir-192-P1 Spt-Mir-192-P1 Sto-Mir-192-P1 Tgu-Mir-192-P1 Xla-Mir-192-P1a Xla-Mir-192-P1b Xtr-Mir-192-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000186305.2_Python_molurus_bivittatus) |
KE955471.1: 57775-57835 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-192-P1) |
Mir-194-P1
KE955471.1: 57464-57519 [+]
Mir-192-P1 KE955471.1: 57775-57835 [+] |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAUUUCCACCCUGAAAUGAGGUCCAGGGUAAUGACCUAUGAUUUGACAGACUGUGCUAUGUAAGUCUGCCUGUCAUUUCUGUAGGCCAAUACUCUGCAUAUCUUCACUACUCUUCAAGGAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAUUUCCACCCUGAAAU-- G C A A -| UU ACUGUGCUA GA GU CAGGGUA UG CCUAU GA UGACAG U CU UA GUCUCAU AC GGAUG CU ACUGUC G AAGGAACUUCUCAUCACUU A C A C U^ UU CGUCUGAAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pbv-Mir-192-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0039020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUGACCUAUGAUUUGACAGACU -22
Get sequence
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Star sequence | Pbv-Mir-192-P1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0039021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CCUGUCAUUUCUGUAGGCCAAUA -61
Get sequence
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