MirGeneDB ID | Lpo-Mir-29-P2m | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-29 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCACCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lpo-Mir-29-P2n | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Asu-Mir-29-P2 Bfl-Mir-29-P2 Bla-Mir-29-P2 Cbr-Mir-29-P2 Cel-Mir-29-P2 Cgi-Mir-29-P2 Cin-Mir-29-P2 Csc-Mir-29-P2 Cte-Mir-29-P2 Esc-Mir-29-P2 Isc-Mir-29-P2 Lgi-Mir-29-P2 Npo-Mir-29-P2 Obi-Mir-29-P2 Ovu-Mir-29-P2 Pfl-Mir-29-P2 Pmi-Mir-29-P2 Sko-Mir-29-P2 Spu-Mir-29-P2 Xbo-Mir-29-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013667448.1: 36044-36102 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUACAACAGACUUUGUUCUUUCUUUGGGUCACUGGGUUCGUAUGGUGCAUAGAUGCAUUAGCAAUUCUAGCACCAUUUGAAUUCAGUUCAUCCAGAGGUCGUACGCUGCUCAUAAAGUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUACAACAGACUUUGUUCUU- C-| U A UGCAU UCUUUGGGU ACUGGGUUCG AUGGUGC UAGA U GGAGACCUA UGACUUAAGU UACCACG AUCU A GUGAAAUACUCGUCGCAUGCU CU^ U - UAACG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Lpo-Mir-29-P2m_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACUGGGUUCGUAUGGUGCAUAGA -23
Get sequence
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Mature sequence | Lpo-Mir-29-P2m_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAGCACCAUUUGAAUUCAGUUC -59
Get sequence
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