MirGeneDB ID | Gja-Mir-192-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-192 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGACCUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gja-Mir-192-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-192-P1 Ami-Mir-192-P1 Bta-Mir-192-P1 Cfa-Mir-192-P1 Cli-Mir-192-P1 Cmi-Mir-192-P1 Cpi-Mir-192-P1 Cpo-Mir-192-P1 Dno-Mir-192-P1 Ebu-Mir-192-o1 Ete-Mir-192-P1 Gga-Mir-192-P1 Hsa-Mir-192-P1 Lch-Mir-192-P1 Mdo-Mir-192-P1 Mml-Mir-192-P1 Mmu-Mir-192-P1 Mun-Mir-192-P1 Oan-Mir-192-P1 Oan-Mir-192-P1-as Ocu-Mir-192-P1 Pbv-Mir-192-P1 Pma-Mir-192-o1 Rno-Mir-192-P1 Spt-Mir-192-P1 Sto-Mir-192-P1 Tgu-Mir-192-P1 Xla-Mir-192-P1a Xla-Mir-192-P1b Xtr-Mir-192-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015175360.1: 821581-821641 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAUUUCUGUUCAAACUUGAGGUCCAGGGUAAUGACCUAUGAUUUGACAGACUGUGCUUUCUAAGUUUGUCUGUCAUUUCUGUAGGCCAAUACACUGCAUACUUUCAUCACUACAUUGCAUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAUUUCUGUUCAAACUU- GUC- G A A -| UU UGUGCUU GAG CAG GUA UG CCUAU GA UGACAGAC U UUC GUC CAU AC GGAUG CU ACUGUCUG C AUACGUUACAUCACUACU AUAC A A C U^ UU UUUGAAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gja-Mir-192-P1_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUGACCUAUGAUUUGACAGACU -22
Get sequence
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Star sequence | Gja-Mir-192-P1_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UCUGUCAUUUCUGUAGGCCAAUA -61
Get sequence
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