MirGeneDB ID | Gga-Mir-221-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-221 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCUACAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-222b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gga-Mir-221-P1a Gga-Mir-221-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-221-P1b Ami-Mir-221-P1b Cli-Mir-221-P1b Cmi-Mir-221-P1b Cpi-Mir-221-P1b Dre-Mir-221-P1b Gja-Mir-221-P1b Lch-Mir-221-P1b Loc-Mir-221-P1b Mun-Mir-221-P1b Oan-Mir-221-P1b Pbv-Mir-221-P1b Spt-Mir-221-P1b Sto-Mir-221-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
4: 2169328-2169394 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAGCCCCGGCGGAGACACGGUGCCCUUGGCUGCUCAGUAGUCAGUGUAGGAUCUGUCCGACAGUCUCACUAACAGCUACAUCUGAUUACUGGGUCACCAAAGGACCACCACCGCGCUGCAUGGACAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGCCCCGGCGGAGACAC C- - CU -| GAUCUGUCCGAC GGUG CC UUGG GCUCAGUAGUCAG UGUAG A CCAC GG AACC UGGGUCAUUAGUC ACAUC G GACAGGUACGUCGCGCCA CA A AC U^ GACAAUCACUCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Gga-Mir-221-P1b_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0025617 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCUCAGUAGUCAGUGUAGGAUC -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-222b-5p miRDB: MIMAT0025617 |
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Mature sequence | Gga-Mir-221-P1b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0025618 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- AGCUACAUCUGAUUACUGGGUCAC -67
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-222b-3p miRDB: MIMAT0025618 |