MirGeneDB ID | Dpu-Mir-279-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dpu-mir-279b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dpu-Mir-279-o1 Dpu-Mir-279-o3 Dpu-Mir-279-o4 Dpu-Mir-279-o5 Dpu-Mir-279-o6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-279-P2a Aae-Mir-279-P2b1 Aae-Mir-279-P2b2 Bpl-Mir-279 Cgi-Mir-279 Dan-Mir-279-P2 Dma-Mir-279-o2 Dme-Mir-279-P2 Dmo-Mir-279-P2 Dsi-Mir-279-P2 Dya-Mir-279-P2 Esc-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Daphnia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
DAPPUscaffold_32: 68663-68726 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-o2) |
Mir-965
DAPPUscaffold_32: 27782-27843 [-]
Ensembl
Mir-279-o2 DAPPUscaffold_32: 68663-68726 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUAGUUGAGCAUCUUGAGCAUACGUCAGUCGGCGAGUUCGGUUUUAGUUGUAUUUUAAAUUUAGUCGGUAUGACUAGAACCCACACUCGUCCGGUUGCUGUAUUCUAUUUCAUCGAGUAGGUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUAGUUGAGCAUCUUGA-- C U GU - UC-| UG UUUUAAA G AUACG CA CGG CGAGU GGUUUUAGU UA U C UAUGU GU GCC GCUCA CCAAGAUCA AU U UCUGGAUGAGCUACUUUAU U C UG U CAC^ GU GGCUGAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-279 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the Drosophila Mir-279s relate to the other invertebrate Mir-279s and thus these multiple paralogues in invertebrates are classified here as orphans pending new data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dpu-Mir-279-o2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGCGAGUUCGGUUUUAGUUGUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dpu-Mir-279-o2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0018923 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UGACUAGAACCCACACUCGUCCGG -64
Get sequence
|