MirGeneDB ID | Cte-Mir-2001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2001 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGUGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cte-mir-2001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bge-Mir-2001-P1 Bge-Mir-2001-P2 Cbr-Mir-2001 Cel-Mir-2001 Cgi-Mir-2001 Csc-Mir-2001 Dan-Mir-2001 Dme-Mir-2001 Dmo-Mir-2001 Dsi-Mir-2001 Dya-Mir-2001 Hme-Mir-2001 Isc-Mir-2001 Lan-Mir-2001-P3 Lan-Mir-2001-P4 Lgi-Mir-2001 Lpo-Mir-2001 Npo-Mir-2001 Pfl-Mir-2001 Pmi-Mir-2001 Sko-Mir-2001 Spu-Mir-2001 Xbo-Mir-2001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_296: 188019-188082 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2001) |
Mir-2001
CAPTEscaffold_296: 188019-188082 [+]
Ensembl
Mir-252-P1 CAPTEscaffold_296: 190705-190762 [+] Ensembl Mir-252-P2 CAPTEscaffold_296: 191494-191555 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGAGCUGCUGUGAUAUGCCCGUUCCUCACGUUGUGACCGUUAUAAUGGGCAUGAAGUCAUUCUGAGCAAUGCUCCUUAUAACGAUCUCAAGGCGAUGGGCGCGGCACUGCGACUCUUGGGCGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGAGCUGCUGUGAUAU- -| C ACG U C U UGAAGUCA GCC CGUUC UC UUG GA CGUUAUAA GGGCA U CGG GCGGG AG AAC CU GCAAUAUU CUCGU U GGCGGGUUCUCAGCGUCA C^ U CGG U A C AACGAGUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | This mature read is seedshifted -1 relative to other lophotrochozoans. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cte-Mir-2001_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009705 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUUGUGACCGUUAUAAUGGGCA -22
Get sequence
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Star sequence | Cte-Mir-2001_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- CUCCUUAUAACGAUCUCAAGGC -64
Get sequence
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