MirGeneDB ID | Cpo-Mir-506-o3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGAAACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-509c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-506-o1 Cpo-Mir-506-o2 Cpo-Mir-506-o4 Cpo-Mir-506-o5 Cpo-Mir-506-o6 Cpo-Mir-506-o7a Cpo-Mir-506-o7b Cpo-Mir-506-o7c Cpo-Mir-506-o8 Cpo-Mir-506-P1 Cpo-Mir-506-P2a Cpo-Mir-506-P2b Cpo-Mir-506-P2c Cpo-Mir-506-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-506-P3 Cfa-Mir-506-P3a Cfa-Mir-506-P3b Dno-Mir-506-P3 Hsa-Mir-506-P3 Mml-Mir-506-P3 Ocu-Mir-506-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. porcellus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_84: 2752734-2752794 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-o3) |
Mir-506-o8
scaffold_84: 2702886-2702945 [+]
UCSC
Mir-506-o4 scaffold_84: 2715444-2715500 [+] UCSC Mir-506-o6 scaffold_84: 2722022-2722078 [+] UCSC Mir-506-o5 scaffold_84: 2725364-2725420 [+] UCSC Mir-506-o1 scaffold_84: 2739521-2739577 [+] UCSC Mir-506-o2 scaffold_84: 2748262-2748318 [+] UCSC Mir-506-o3 scaffold_84: 2752734-2752794 [+] UCSC Mir-506-P2a scaffold_84: 2762224-2762281 [+] UCSC Mir-506-P2b scaffold_84: 2763265-2763322 [+] UCSC Mir-506-P2c scaffold_84: 2771646-2771702 [+] UCSC Mir-506-P6 scaffold_84: 2797729-2797786 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCCUGUCCUCCAGCCUGCUGUAUGUGGUACACUACCCCAGAGAGUUUCAAUCGUUUUUAAUUAACUAUGAUAGAAACCUCUGAGGUGGAUUAUCACACAGCAACAUGUGCAAGGGCAACAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCCUGUCCUCCAGCCUG----| AU CA C A A GUUUUUA CUGU GUGGUA CUACC CAGAG GUUUC AUC A GACA CACUAU GGUGG GUCUC CAAAG UAG U GACAACGGGAACGUGUACAAC^ -- UA A - A UAUCAAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cpo-Mir-506-o3_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0047325 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACUACCCCAGAGAGUUUCAAUC -22
Get sequence
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Mature sequence | Cpo-Mir-506-o3_3p |
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mirBase accession | MIMAT0047326 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UAGAAACCUCUGAGGUGGAUU -61
Get sequence
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