| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-362-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-362 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCCUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-501 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-362-P1 Cpo-Mir-362-P4 Cpo-Mir-362-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Hsa-Mir-362-P3 Mml-Mir-362-P3 Mmu-Mir-362-P3 Ocu-Mir-362-P3 Rno-Mir-362-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_132: 3009773-3009832 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-362-P3) |
Mir-188-P2
scaffold_132: 3003104-3003162 [+]
UCSC
Mir-188-P1 scaffold_132: 3003465-3003524 [+] UCSC Mir-362-P1 scaffold_132: 3009085-3009144 [+] UCSC Mir-362-P3 scaffold_132: 3009773-3009832 [+] UCSC Mir-362-P5 scaffold_132: 3010278-3010339 [+] UCSC Mir-188-P3 scaffold_132: 3012570-3012628 [+] UCSC Mir-362-P4 scaffold_132: 3014248-3014306 [+] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCCAGGCCUUUUGCUUUGCUCCUCCUCUCUAAUCCUUUGUCCCUGAGUGAGAAUGCUUUCAGAAUGCAGUGCUCCCAGGCAAGGGUUCUGAGAGGGCGAGCCUCCUCUGCAUGGAGAAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UCCAGGCCUUUUGCUUU--| C UAAU CCU GAGAAUGCUU GCUC UCCUCUC CCUUUGUC GAGU U CGAG GGGAGAG GGGAACGG CUCG C GGAAGAGGUACGUCUCCUC^ C UCUU ACC UGACGUAAGA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-362-P3_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047303 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAUCCUUUGUCCCUGAGUGAGAAU -24
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-362-P3_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0047304 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AGUGCUCCCAGGCAAGGGUUCUG -60
Get sequence
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