MirGeneDB ID | Cpo-Mir-362-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-362 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACACACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-362 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-362-P3 Cpo-Mir-362-P4 Cpo-Mir-362-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-362-P1 Cfa-Mir-362-P1 Dno-Mir-362-P1 Ete-Mir-362-P1 Hsa-Mir-362-P1 Mml-Mir-362-P1 Mmu-Mir-362-P1 Ocu-Mir-362-P1 Rno-Mir-362-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_132: 3009085-3009144 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-362-P1) |
Mir-188-P2
scaffold_132: 3003104-3003162 [+]
UCSC
Mir-188-P1 scaffold_132: 3003465-3003524 [+] UCSC Mir-362-P1 scaffold_132: 3009085-3009144 [+] UCSC Mir-362-P3 scaffold_132: 3009773-3009832 [+] UCSC Mir-362-P5 scaffold_132: 3010278-3010339 [+] UCSC Mir-188-P3 scaffold_132: 3012570-3012628 [+] UCSC Mir-362-P4 scaffold_132: 3014248-3014306 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUACUUGAGCCUUAUCUGUUCUUCCUCUCAAAUCCUUGGGAACCUAGGUGUGAGUGCUGCUUCAGUGCAACACACCUAUUCAAGGAUUCAAAGAGGCUGAGCCUUGUCUGCAUGUCGAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AUACUUGAGCCUUAUCU- UU CA-| AACC A- GCUGC GUUC CCUCU AAUCCUUGGG UAGGUGUG GU \ CGAG GGAGA UUAGGAACUU AUCCACAC CG U GAAGCUGUACGUCUGUUC UC AAC^ ---- AA UGACU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cpo-Mir-362-P1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0047190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAUCCUUGGGAACCUAGGUGUGAGU -25
Get sequence
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Mature sequence | Cpo-Mir-362-P1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0047191 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AACACACCUAUUCAAGGAUUCA -60
Get sequence
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