| MirGeneDB ID | Bta-Mir-29-P2d2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-29 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCACCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bta-mir-29d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bta-Mir-29-P1b-v1 Bta-Mir-29-P1b-v2 Bta-Mir-29-P1d7-v1 Bta-Mir-29-P1d7-v2 Bta-Mir-29-P1d8-v1 Bta-Mir-29-P1d8-v2 Bta-Mir-29-P2b Bta-Mir-29-P2d1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-29-P2d Ami-Mir-29-P2d Asu-Mir-29-P2 Bfl-Mir-29-P2 Bla-Mir-29-P2 Cbr-Mir-29-P2 Cel-Mir-29-P2 Cgi-Mir-29-P2 Cin-Mir-29-P2 Cli-Mir-29-P2d Cmi-Mir-29-P2d Cpi-Mir-29-P2d Cpo-Mir-29-P2d Csc-Mir-29-P2 Cte-Mir-29-P2 Dno-Mir-29-P2d Dre-Mir-29-P2d2 Esc-Mir-29-P2 Ete-Mir-29-P2d Gga-Mir-29-P2d Gja-Mir-29-P2d Gmo-Mir-29-P2d2 Hsa-Mir-29-P2d Isc-Mir-29-P2 Lch-Mir-29-P2d Lgi-Mir-29-P2 Loc-Mir-29-P2d-v1 Loc-Mir-29-P2d-v2 Mal-Mir-29-P2d2 Mdo-Mir-29-P2d Mml-Mir-29-P2d Mmu-Mir-29-P2d Mun-Mir-29-P2d Npo-Mir-29-P2 Oan-Mir-29-P2d Obi-Mir-29-P2 Ocu-Mir-29-P2d Ovu-Mir-29-P2 Pbv-Mir-29-P2d Pfl-Mir-29-P2 Pmi-Mir-29-P2 Sha-Mir-29-P2d Sko-Mir-29-P2 Spt-Mir-29-P2d Spu-Mir-29-P2 Sto-Mir-29-P2d Tgu-Mir-29-P2d Tni-Mir-29-P2d2 Xbo-Mir-29-P2 Xtr-Mir-29-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | B. taurus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037343.1: 75577623-75577680 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-29-P2d2) |
Mir-29-P1d8-v1
NC_037343.1: 75577055-75577119 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-29-P1d8-v2 NC_037343.1: 75577056-75577118 [+] UCSC Ensembl Mir-29-P2d2 NC_037343.1: 75577623-75577680 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CACCACCGGACCCAUCUCUUACACAGGCUGACCGAUUUCUCCUGGUGUUCAGAGUCUGUUUUUGUCUAGCACCAUUUGAAAUCGGUUAUGAUGUAGGGGGAAAAGCAGCAGCCUCAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CACCACCGGACCCAUCU---- -| GGC UCC C GUCUG CUUACA CA UGACCGAUUUC UGGUGUU AGA \ GGAUGU GU AUUGGCUAAAG ACCACGA UCU U GAACUCCGACGACGAAAAGGG A^ --- UUU - GUUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There are Drosha cuts -1 and -2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Bta-Mir-29-P2d2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0026919 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCGAUUUCUCCUGGUGUUCAGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-29d-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Bta-Mir-29-P2d2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0009275 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAGCACCAUUUGAAAUCGGUUA -58
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-29d-3p |
