MirGeneDB ID | Aca-Mir-194-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-194 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-194-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aca-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-194-P1 Bta-Mir-194-P1 Cfa-Mir-194-P1 Cli-Mir-194-P1 Cmi-Mir-194-P1 Cpi-Mir-194-P1 Ebu-Mir-194-o1 Ete-Mir-194-P1 Gga-Mir-194-P1 Gja-Mir-194-P1 Hsa-Mir-194-P1 Lch-Mir-194-P1 Mml-Mir-194-P1 Mmu-Mir-194-P1 Mun-Mir-194-P1 Oan-Mir-194-P1 Ocu-Mir-194-P1 Pbv-Mir-194-P1 Pma-Mir-194-o1 Rno-Mir-194-P1 Spt-Mir-194-P1 Sto-Mir-194-P1 Tgu-Mir-194-P1 Xla-Mir-194-P1a Xla-Mir-194-P1b Xtr-Mir-194-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
1: 243290942-243290997 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-194-P1) |
Mir-192-P1
1: 243290668-243290728 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-194-P1 1: 243290942-243290997 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGGGUGUUUCAACCAUACAGUGUCGUCAAGUGUAACAGCAACUCCAUGUGGAAUAAGUAGAUUUCCAGUGGAGGUGCUGUUACUUUUGAAGCUACUGACCAAACGUUGAAGUGAAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GGGGUGUUUCAACCAUA--| UCG U A G UAAG CAGUG UCAAG GUAACAGCA CUCCAU UGGAA \ GUCAU AGUUU CAUUGUCGU GAGGUG ACCUU U UAAGUGAAGUUGCAAACCA^ CGA U G - UAGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aca-Mir-194-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0021828 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAACAGCAACUCCAUGUGGAA -23
Get sequence
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Star sequence | Aca-Mir-194-P1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0021829 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- CCAGUGGAGGUGCUGUUACUUU -56
Get sequence
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