MirGeneDB ID | Aae-Mir-3-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-3 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Yellow fever mosquito (Aedes aegypti) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aae-mir-309b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aae-Mir-3-P2a1 Aae-Mir-3-P2a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dan-Mir-3-P2 Dma-Mir-3 Dme-Mir-3-P2 Dmo-Mir-3-P2 Dpu-Mir-3 Dsi-Mir-3-P2 Dya-Mir-3-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. aegypti | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Aaeg_L3) |
supercont1.464: 825634-825696 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3-P2b) |
Mir-279-P2a
supercont1.464: 825007-825079 [+]
Ensembl
Mir-3-P2b supercont1.464: 825634-825696 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGAGUGUAGAUGAAAGAAACCCGGCUUAUGCGUCAAACUCCGUUCAGUUGGUGGAGUCAUUUUCCAAGUCAUCACUGGGCAUAGUUUGUCGCAUAAUUAAAAACUAUAUCAACUUUUAUCGUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGAGUGUAGAUGAAAGAAACCCGGC--| U CC U GAGUCAU UUAUGCG CAAACU GUUCAGU GGUG U AAUACGC GUUUGA CGGGUCA CUAC U UUGCUAUUUUCAACUAUAUCAAAAAUU^ U UA - UGAACCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Aae-Mir-3-P2b_5p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0014319 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGUCAAACUCCGUUCAGUUGGUG -23
Get sequence
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Mature sequence | Aae-Mir-3-P2b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0014320 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- UCACUGGGCAUAGUUUGUCGCA -63
Get sequence
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