MirGeneDB ID | Xtr-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-194 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xtr-mir-194-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xtr-Mir-194-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-194-P2 Ami-Mir-194-P2 Bta-Mir-194-P2 Cfa-Mir-194-P2 Cpi-Mir-194-P2 Cpo-Mir-194-P2 Dno-Mir-194-P2 Dre-Mir-194-P2a Dre-Mir-194-P2b Ete-Mir-194-P2 Gja-Mir-194-P2 Gmo-Mir-194-P2a Gmo-Mir-194-P2b Hsa-Mir-194-P2 Lch-Mir-194-P2 Loc-Mir-194-P2 Mal-Mir-194-P2a Mal-Mir-194-P2b Mml-Mir-194-P2 Mmu-Mir-194-P2 Mun-Mir-194-P2 Oan-Mir-194-P2 Ocu-Mir-194-P2 Pbv-Mir-194-P2 Rno-Mir-194-P2 Sha-Mir-194-P2 Spt-Mir-194-P2 Sto-Mir-194-P2 Tni-Mir-194-P2a Tni-Mir-194-P2b Xla-Mir-194-P2c Xla-Mir-194-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (xenTro9_add) |
chr4: 38492078-38492136 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-194-P2) |
Mir-194-P2
chr4: 38492078-38492136 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-192-P2 chr4: 38493655-38493715 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AACCCCAUGGAGAUACUGAUGCUCAUAACCUGUAACAGCAACUCCAUGUGGAAGUAGAUAUAAUAUUCCGGUGGAGAUGCUGUUAUCUGUAAUGUGUAUCUAUAAUUCUUUAAGUGGAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AACCCCAUGGAGAUACU--| U A CU A G GUAGA GAUGC CAU AC GUAACAGCA CUCCAU UGGAA U CUAUG GUA UG UAUUGUCGU GAGGUG GCCUU A AAGGUGAAUUUCUUAAUAU^ U A UC A - AUAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Xtr-Mir-194-P2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0003617 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAACAGCAACUCCAUGUGGAA -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-194 |
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Star sequence | Xtr-Mir-194-P2_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CCGGUGGAGAUGCUGUUAUCUG -59
Get sequence
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