| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-192-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-192 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGACCUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-215 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-192-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-192-P1 Ami-Mir-192-P1 Bta-Mir-192-P1 Cfa-Mir-192-P1 Cli-Mir-192-P1 Cmi-Mir-192-P1 Cpi-Mir-192-P1 Cpo-Mir-192-P1 Dno-Mir-192-P1 Ebu-Mir-192-o1 Ete-Mir-192-P1 Gga-Mir-192-P1 Gja-Mir-192-P1 Hsa-Mir-192-P1 Lch-Mir-192-P1 Mdo-Mir-192-P1 Mml-Mir-192-P1 Mmu-Mir-192-P1 Mun-Mir-192-P1 Oan-Mir-192-P1 Oan-Mir-192-P1-as Ocu-Mir-192-P1 Pbv-Mir-192-P1 Pma-Mir-192-o1 Rno-Mir-192-P1 Spt-Mir-192-P1 Sto-Mir-192-P1 Tgu-Mir-192-P1 Xla-Mir-192-P1a Xla-Mir-192-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr5: 6916171-6916232 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-192-P1) |
Mir-194-P1
chr5: 6915468-6915523 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-192-P1 chr5: 6916171-6916232 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGCCAAUGAUCUAACUGGUAACCAGGAGGAUGACCUAUGAAAUGACAGCCACUUCCAUACCAAACAUGUCUGUCAUUUCUGUAGGCCAAUAUUCUGAUUGCUUUGUUGACGGCAGAGAAACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGGCCAAUGAUCUAACU-- C GGA A -| C CUUCCAU GGUAA CAGGA UG CCUAU GAAAUGACAG CA \ UCGUU GUCUU AC GGAUG CUUUACUGUC GU A CAAAGAGACGGCAGUUGUU A AUA C U^ U ACAAACC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-192-P1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003628 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUGACCUAUGAAAUGACAGCCA -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-215 |
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| Star sequence | Xtr-Mir-192-P1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UCUGUCAUUUCUGUAGGCCAAUA -62
Get sequence
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