MirGeneDB 2.1

MirGeneDB ID

Xtr-Mir-142-P1b-v1

Family name MIR-142 (all species)
Seed AUAAAGU
Species Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis)
MiRBase ID xtr-mir-142-2
Paralogues Xtr-Mir-142-P1a-v1  Xtr-Mir-142-P1a-v2  Xtr-Mir-142-P1a-v3  Xtr-Mir-142-P1a-v4  Xtr-Mir-142-P1b-v2  Xtr-Mir-142-P1b-v3  Xtr-Mir-142-P1b-v4 
Orthologues Ami-Mir-142-P1-v1  Ami-Mir-142-P1-v2  Ami-Mir-142-P1-v3  Ami-Mir-142-P1-v4  Bta-Mir-142-P1-v1  Bta-Mir-142-P1-v2  Bta-Mir-142-P1-v3  Bta-Mir-142-P1-v4  Cfa-Mir-142-P1-v1  Cfa-Mir-142-P1-v2  Cfa-Mir-142-P1-v3  Cfa-Mir-142-P1-v4  Cli-Mir-142-P1-v1  Cli-Mir-142-P1-v2  Cli-Mir-142-P1-v3  Cli-Mir-142-P1-v4  Cmi-Mir-142-P1-v1  Cmi-Mir-142-P1-v2  Cmi-Mir-142-P1-v3  Cmi-Mir-142-P1-v4  Cpi-Mir-142-P1-v1  Cpi-Mir-142-P1-v2  Cpi-Mir-142-P1-v3  Cpi-Mir-142-P1-v4  Cpo-Mir-142-P1-v1  Cpo-Mir-142-P1-v2  Cpo-Mir-142-P1-v3  Cpo-Mir-142-P1-v4  Dno-Mir-142-P1-v1  Dno-Mir-142-P1-v2  Dno-Mir-142-P1-v3  Dno-Mir-142-P1-v4  Dre-Mir-142-P1-v1  Dre-Mir-142-P1-v2  Dre-Mir-142-P1-v3  Dre-Mir-142-P1-v4  Ete-Mir-142-P1-v1  Ete-Mir-142-P1-v2  Ete-Mir-142-P1-v3  Ete-Mir-142-P1-v4  Gga-Mir-142-P1-v1  Gga-Mir-142-P1-v2  Gga-Mir-142-P1-v3  Gga-Mir-142-P1-v4  Gmo-Mir-142-P1-v1  Gmo-Mir-142-P1-v2  Gmo-Mir-142-P1-v3  Gmo-Mir-142-P1-v4  Hsa-Mir-142-P1-v1  Hsa-Mir-142-P1-v2  Hsa-Mir-142-P1-v3  Hsa-Mir-142-P1-v4  Lch-Mir-142-P1  Loc-Mir-142-P1-v1  Loc-Mir-142-P1-v2  Loc-Mir-142-P1-v3  Loc-Mir-142-P1-v4  Mal-Mir-142-P1-v1  Mal-Mir-142-P1-v2  Mal-Mir-142-P1-v3  Mal-Mir-142-P1-v4  Mdo-Mir-142-P1-v1  Mdo-Mir-142-P1-v2  Mdo-Mir-142-P1-v3  Mdo-Mir-142-P1-v4  Mml-Mir-142-P1-v1  Mml-Mir-142-P1-v2  Mml-Mir-142-P1-v3  Mml-Mir-142-P1-v4  Mmu-Mir-142-P1-v1  Mmu-Mir-142-P1-v2  Mmu-Mir-142-P1-v3  Mmu-Mir-142-P1-v4  Oan-Mir-142-P1-v1  Oan-Mir-142-P1-v2  Oan-Mir-142-P1-v3  Oan-Mir-142-P1-v4  Ocu-Mir-142-P1-v1  Ocu-Mir-142-P1-v2  Ocu-Mir-142-P1-v3  Ocu-Mir-142-P1-v4  Rno-Mir-142-P1-v1  Rno-Mir-142-P1-v2  Rno-Mir-142-P1-v3  Rno-Mir-142-P1-v4  Sha-Mir-142-P1-v1  Sha-Mir-142-P1-v2  Sha-Mir-142-P1-v3  Sha-Mir-142-P1-v4  Spt-Mir-142-P1  Sto-Mir-142-P1-v1  Sto-Mir-142-P1-v2  Sto-Mir-142-P1-v3  Sto-Mir-142-P1-v4  Tgu-Mir-142-P1-v1  Tgu-Mir-142-P1-v2  Tgu-Mir-142-P1-v3  Tgu-Mir-142-P1-v4  Tni-Mir-142-P1-v1  Tni-Mir-142-P1-v2  Tni-Mir-142-P1-v3  Tni-Mir-142-P1-v4  Xla-Mir-142-P1b1-v1  Xla-Mir-142-P1b1-v2  Xla-Mir-142-P1b1-v3  Xla-Mir-142-P1b1-v4  Xla-Mir-142-P1b2-v1  Xla-Mir-142-P1b2-v2  Xla-Mir-142-P1b2-v3  Xla-Mir-142-P1b2-v4 
Node of Origin (locus) Xenopus
Node of Origin (family) Vertebrata
Genome context
(xenTro9_add)
chr2: 38446775-38446834 [+] UCSC Ensembl
Clustered miRNAs
(< 50kb from Mir-142-P1b-v1)
Mir-142-P1a-v4 chr2: 38445591-38445654 [+] UCSC Ensembl
Mir-142-P1a-v1 chr2: 38445593-38445652 [+] UCSC Ensembl
Mir-142-P1a-v2 chr2: 38445593-38445652 [+] UCSC Ensembl
Mir-142-P1a-v3 chr2: 38445593-38445652 [+] UCSC Ensembl
Mir-142-P1b-v4 chr2: 38446773-38446836 [+] UCSC Ensembl
Mir-142-P1b-v1 chr2: 38446775-38446834 [+] UCSC Ensembl
Mir-142-P1b-v2 chr2: 38446775-38446834 [+] UCSC Ensembl
Mir-142-P1b-v3 chr2: 38446775-38446834 [+] UCSC Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
UUCCACUAUGUGACAUGCAGUGCAGCCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAGACAGGACUGAACGCUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGGGCUCUACAGGACAACUGA
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30        40        50         
UUCCACUAUGUGACAUG--|      GC  C           A         UAGACAGG 
                   CAGUGCA  CA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC        A
                   GUCAUGU  GU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG        C
AGUCAACAGGACAUCUCGG^      GA  A           C         UCGCAAGU 
.       110       100        90        80        70        60
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsCNNC at 3p(+17)
Tissue expression
 +
Br Em Em Em Em He
Mature sequence

Xtr-Mir-142-P1b-v1_5p

mirBase accessionMIMAT0003602
Sequence
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACU -21
Get sequence
Proposed targets TargetScanVert: xtr-miR-142-5p
Star sequence

Xtr-Mir-142-P1b-v1_3p*

mirBase accessionMIMAT0003603
Sequence
39- UAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
Proposed targets TargetScanVert: xtr-miR-142-3p