MirGeneDB 2.1
MirGeneDB ID

Xtr-Mir-101-P1-v2

Family name MIR-101 (all species)
Seed UACAGUA
Species Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis)
MiRBase ID xtr-mir-101a-2
Paralogues Xtr-Mir-101-P1-v1  Xtr-Mir-101-P2-v1  Xtr-Mir-101-P2-v2 
Orthologues Aca-Mir-101-P1-v1  Aca-Mir-101-P1-v2  Ami-Mir-101-P1-v1  Ami-Mir-101-P1-v2  Bta-Mir-101-P1-v1  Bta-Mir-101-P1-v2  Cfa-Mir-101-P1-v1  Cfa-Mir-101-P1-v2  Cli-Mir-101-P1-v1  Cli-Mir-101-P1-v2  Cmi-Mir-101-P1-v1  Cmi-Mir-101-P1-v2  Cpi-Mir-101-P1-v1  Cpi-Mir-101-P1-v2  Cpo-Mir-101-P1-v1  Cpo-Mir-101-P1-v2  Dno-Mir-101-P1-v1  Dno-Mir-101-P1-v2  Dre-Mir-101-P1-v1  Dre-Mir-101-P1-v2  Ete-Mir-101-P1-v1  Ete-Mir-101-P1-v2  Gga-Mir-101-P1-v1  Gga-Mir-101-P1-v2  Gja-Mir-101-P1-v1  Gja-Mir-101-P1-v2  Gmo-Mir-101-P1-v1  Gmo-Mir-101-P1-v2  Hsa-Mir-101-P1-v1  Hsa-Mir-101-P1-v2  Lch-Mir-101-P1  Loc-Mir-101-P1-v1  Loc-Mir-101-P1-v2  Mal-Mir-101-P1-v1  Mal-Mir-101-P1-v2  Mdo-Mir-101-P1-v1  Mdo-Mir-101-P1-v2  Mml-Mir-101-P1-v1  Mml-Mir-101-P1-v2  Mmu-Mir-101-P1-v1  Mmu-Mir-101-P1-v2  Mun-Mir-101-P1-v1  Mun-Mir-101-P1-v2  Oan-Mir-101-P1-v1  Oan-Mir-101-P1-v2  Ocu-Mir-101-P1-v1  Ocu-Mir-101-P1-v2  Pbv-Mir-101-P1-v1  Pbv-Mir-101-P1-v2  Rno-Mir-101-P1-v1  Rno-Mir-101-P1-v2  Sha-Mir-101-P1-v1  Sha-Mir-101-P1-v2  Spt-Mir-101-P1c  Spt-Mir-101-P1d  Sto-Mir-101-P1-v1  Sto-Mir-101-P1-v2  Tgu-Mir-101-P1-v1  Tgu-Mir-101-P1-v2  Tni-Mir-101-P1-v1  Tni-Mir-101-P1-v2  Xla-Mir-101-P1a-v1  Xla-Mir-101-P1a-v2  Xla-Mir-101-P1b-v1  Xla-Mir-101-P1b-v2 
Node of Origin (locus) Vertebrata
Node of Origin (family) Vertebrata
Genome context
(xenTro9_add)		 chr4: 79102564-79102620 [-] UCSC Ensembl
Clustered miRNAs
(< 50kb from Mir-101-P1-v2)		 Mir-101-P1-v1 chr4: 79102563-79102621 [-] UCSC Ensembl
Mir-101-P1-v2 chr4: 79102564-79102620 [-] UCSC Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
GGCCAUUGUGACUGACAGGCUGCCCUGGCUCAGUUAUCACAGUGCUGAUGCUGUCUACUCUAAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAGGAUGGUAGCCAUCUUAACUUCAGCUUUUC
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30        40        50        
GGCCAUUGUGACUGACA--|      CUGGC                  A    GUCUA 
                   GGCUGCC     UCAGUUAUCACAGUGCUG UGCU     C
                   CCGAUGG     AGUCAAUAGUGUCAUGAC AUGG     U
CUUUUCGACUUCAAUUCUA^      UAGGA                  -    AAAUC 
     110       100        90        80        70         60
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsNo
Tissue expression
-   +
Br Em Em Em Em He
Star sequence

Xtr-Mir-101-P1-v2_5p*
mirBase accessionNone
Sequence 
0- CAGUUAUCACAGUGCUGAUGCU -22
Get sequence
Mature sequence

Xtr-Mir-101-P1-v2_3p
mirBase accessionMIMAT0003662
Sequence 
35- GUACAGUACUGUGAUAACUGAA -57
Get sequence
Proposed targets TargetScanVert: xtr-miR-101a