MirGeneDB ID | Xtr-Mir-1-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xtr-mir-1a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xtr-Mir-1-P1 Xtr-Mir-1-P2 Xtr-Mir-1-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-1 Aca-Mir-1-P3 Ami-Mir-1-P3 Asu-Mir-1 Bfl-Mir-1 Bge-Mir-1 Bla-Mir-1 Bta-Mir-1-P3 Cbr-Mir-1 Cel-Mir-1 Cfa-Mir-1-P3 Cgi-Mir-1 Cin-Mir-1 Cli-Mir-1-P3 Cmi-Mir-1-P3 Cpi-Mir-1-P3 Cpo-Mir-1-P3 Cte-Mir-1 Dan-Mir-1 Dma-Mir-1 Dme-Mir-1 Dmo-Mir-1 Dno-Mir-1-P3 Dpu-Mir-1 Dre-Mir-1-P3 Dsi-Mir-1 Dya-Mir-1 Esc-Mir-1 Ete-Mir-1-P3 Gga-Mir-1-P3 Gja-Mir-1-P3 Gmo-Mir-1-P3 Hme-Mir-1 Hsa-Mir-1-P3 Isc-Mir-1 Lan-Mir-1 Lch-Mir-1-P3 Lgi-Mir-1 Loc-Mir-1-P3 Mal-Mir-1-P3 Mdo-Mir-1-P3 Mml-Mir-1-P3 Mmu-Mir-1-P3 Mun-Mir-1-P3 Oan-Mir-1-P3 Obi-Mir-1 Ocu-Mir-1-P3 Ovu-Mir-1 Pbv-Mir-1-P3 Pfl-Mir-1 Pma-Mir-1-o3 Pmi-Mir-1 Rno-Mir-1-P3 Sha-Mir-1-P3 Sko-Mir-1 Spt-Mir-1-P3 Spu-Mir-1 Sto-Mir-1-P3 Tca-Mir-1 Tgu-Mir-1-P3 Tni-Mir-1-P3 Xbo-Mir-1 Xla-Mir-1-P3a Xla-Mir-1-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (xenTro9_add) |
chrUn_NW_016683679v1: 104671-104732 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1-P3) |
Mir-133-P3-v1
chrUn_NW_016683679v1: 81400-81459 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-133-P3-v2 chrUn_NW_016683679v1: 81400-81459 [-] UCSC Ensembl Mir-1-P3 chrUn_NW_016683679v1: 104671-104732 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUUCGGGACUCGUUGCACCCUAUUUGGGAGACAUACUUCUUUAUAUGUCCAUAUGGAAGUGCCAAUGCUAUGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAUCUCCGAUAGGGGUCCGCCACAAAGACACAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GUUCGGGACUCGUUGCA--| U G G UGGAAGU CCCUAUU GGGA ACAUACUUCUUUAUAU UCCAUA \ GGGAUAG CUCU UGUAUGAAGAAAUGUA AGGUAU G GACACAGAAACACCGCCUG^ C A - CGUAACC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Xtr-Mir-1-P3_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACAUACUUCUUUAUAUGUCCAUA -23
Get sequence
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Mature sequence | Xtr-Mir-1-P3_3p |
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mirBase accession | MIMAT0003551 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAU -62
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-1a |