MirGeneDB ID | Xtr-Mir-1-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xtr-mir-1a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xtr-Mir-1-P2 Xtr-Mir-1-P3 Xtr-Mir-1-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-1 Aca-Mir-1-P1 Ami-Mir-1-P1 Asu-Mir-1 Bfl-Mir-1 Bge-Mir-1 Bla-Mir-1 Bta-Mir-1-P1 Cbr-Mir-1 Cel-Mir-1 Cfa-Mir-1-P1 Cgi-Mir-1 Cin-Mir-1 Cli-Mir-1-P1 Cmi-Mir-1-P1 Cpi-Mir-1-P1 Cpo-Mir-1-P1 Cte-Mir-1 Dan-Mir-1 Dma-Mir-1 Dme-Mir-1 Dmo-Mir-1 Dno-Mir-1-P1 Dpu-Mir-1 Dre-Mir-1-P1 Dsi-Mir-1 Dya-Mir-1 Esc-Mir-1 Ete-Mir-1-P1 Gga-Mir-1-P1 Gja-Mir-1-P1 Gmo-Mir-1-P1 Hme-Mir-1 Hsa-Mir-1-P1 Isc-Mir-1 Lan-Mir-1 Lch-Mir-1-P1 Lgi-Mir-1 Loc-Mir-1-P1 Mal-Mir-1-P1 Mdo-Mir-1-P1 Mml-Mir-1-P1 Mmu-Mir-1-P1 Mun-Mir-1-P1 Oan-Mir-1-P1 Obi-Mir-1 Ocu-Mir-1-P1 Ovu-Mir-1 Pbv-Mir-1-P1 Pfl-Mir-1 Pma-Mir-1-o1 Pmi-Mir-1 Rno-Mir-1-P1 Sha-Mir-1-P1 Sko-Mir-1 Spt-Mir-1-P1 Spu-Mir-1 Sto-Mir-1-P1 Tca-Mir-1 Tgu-Mir-1-P1 Tni-Mir-1-P1 Xbo-Mir-1 Xla-Mir-1-P1a Xla-Mir-1-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (xenTro9_add) |
chr6: 93553291-93553351 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1-P1) |
Mir-133-P1-v1
chr6: 93550870-93550929 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-133-P1-v2 chr6: 93550870-93550929 [-] UCSC Ensembl Mir-1-P1 chr6: 93553291-93553351 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAAAGAGCUUAUAUCUACCUGUUUGGAGUACAUACUUCUUUAUGUACCCAUAUGAACAUACAAUGCUAUGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAUUUUUAUCAGGUACUGAACACCGGCCAAAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCAAAGAGCUUAUAUCU--| UUU AC UGAACA ACCUG GGAGUACAUACUUCUUUAUGU CCAUA U UGGAC UUUUAUGUAUGAAGAAAUGUA GGUAU A CGAAACCGGCCACAAGUCA^ UAU A- CGUAAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Xtr-Mir-1-P1_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACAUACUUCUUUAUGUACCCAUA -23
Get sequence
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Mature sequence | Xtr-Mir-1-P1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0003551 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAU -61
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-1a |