| MirGeneDB ID | Xtr-Let-7-P2b3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Let-7-P1b Xtr-Let-7-P1c Xtr-Let-7-P2a1 Xtr-Let-7-P2a2 Xtr-Let-7-P2a3 Xtr-Let-7-P2b2 Xtr-Let-7-P2c2 Xtr-Let-7-P2c3 Xtr-Let-7-P2c4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2b3 Ami-Let-7-P2b3 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2b3 Cfa-Let-7-P2b3 Cgi-Let-7 Cpi-Let-7-P2b3 Cpo-Let-7-P2b3 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2b3 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2b3a Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2b3 Gja-Let-7-P2b3 Gmo-Let-7-P2b3a Gmo-Let-7-P2b3b Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2b3 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2b3 Mal-Let-7-P2b3a Mml-Let-7-P2b3 Mmu-Let-7-P2b3 Mun-Let-7-P2b3 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2b3 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2b3 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2b3 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2b3 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2b3 Spu-Let-7 Sto-Let-7-P2b3 Tca-Let-7 Tni-Let-7-P2b3a Tni-Let-7-P2b3b Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P2b3c Xla-Let-7-P2b3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr8: 8410567-8410643 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2b3) |
Let-7-P2b3
chr8: 8410567-8410643 [-]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2a3 chr8: 8410824-8410894 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUGCACUACACUCUCUGCCCUCUUCAGGAUGAGGUAGUAAGUUGUAUUGUUGUGGGGGUUUUUAUUUCCCCAAAUUAGGAGAUAACUAUACAGCUUACUGCCUUCCCUGCAGCAUGGUAAUUUAAUUCUCUGAUGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUGCACUACACUCUCU- CU-| U AU U GUGGGGGUUUUUAUU GCC CU CAGG GAGGUAGUAAGUUGUAU GUU U UGG GA GUCC UUCCGUCAUUCGACAUA CAA C UGUAGUCUCUUAAUUUAA UAC^ C C- U UAGAGGAUUAAACCC 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Let-7-P2b3_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003581 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGGUAGUAAGUUGUAUUGUU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-98 |
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| Star sequence | Xtr-Let-7-P2b3_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
56- CUAUACAGCUUACUGCCUUCC -77
Get sequence
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