MirGeneDB ID | Xtr-Let-7-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xtr-let-7c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xtr-Let-7-P1b Xtr-Let-7-P2a1 Xtr-Let-7-P2a2 Xtr-Let-7-P2a3 Xtr-Let-7-P2b2 Xtr-Let-7-P2b3 Xtr-Let-7-P2c2 Xtr-Let-7-P2c3 Xtr-Let-7-P2c4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P1c Ami-Let-7-P1c Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P1c Cfa-Let-7-P1c Cgi-Let-7 Cin-Let-7-P1 Cli-Let-7-P1c Cpi-Let-7-P1c Cpo-Let-7-P1c Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P1c Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P1c1 Dre-Let-7-P1c2 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P1c Gga-Let-7-P1c Gja-Let-7-P1c Gmo-Let-7-P1c2 Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P1c Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P1c Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P1c Mal-Let-7-P1c2 Mml-Let-7-P1c Mmu-Let-7-P1c Mun-Let-7-P1c Npo-Let-7 Oan-Let-7-P1c Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P1c Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P1c Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P1c Sha-Let-7-P1c Sko-Let-7 Spt-Let-7-P1c Spu-Let-7 Sto-Let-7-P1c Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P1c Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P1c3 Xla-Let-7-P1c4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (xenTro9_add) |
chr2: 23121735-23121801 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P1c) |
Mir-10-P2c
chr2: 23121041-23121099 [+]
UCSC
Ensembl
Let-7-P1c chr2: 23121735-23121801 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGACUACACUGGAAAUGUGUGCAUCCAGGUUGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUUUAGAAUGACACCCUGGGAGUUAACUGUACAACCUUCUAGCUUUCCUUGGAGCUCACUUGAACCAUCGAAGAAUCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGACUACACUGGAAAUG---| U A UU G U UAGAAUGACA UG GC UCCAGG GAG UAG AGGUUGUAUGGUU \ AC CG AGGUUC UUC AUC UCCAACAUGUCAA C ACUAAGAAGCUACCAAGUUC^ U - CU G U UUGAGGGUCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Xtr-Let-7-P1c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0003644 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-let-7c |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Xtr-Let-7-P1c_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
45- CUGUACAACCUUCUAGCUUUCC -67
Get sequence
|