MirGeneDB 2.1

MirGeneDB ID

Spu-Mir-29-P1

Family name MIR-29 (all species)
Seed AGCACCA
Species Purple sea urchin (Strongylocentrotus purpuratus)
MiRBase ID spu-mir-29a
Paralogues Spu-Mir-29-P2 
Orthologues Aae-Mir-29-P1  Aca-Mir-29-P1b-v1  Aca-Mir-29-P1b-v2  Aca-Mir-29-P1d-v1  Aca-Mir-29-P1d-v2  Ami-Mir-29-P1b-v1  Ami-Mir-29-P1b-v2  Ami-Mir-29-P1d-v1  Ami-Mir-29-P1d-v2  Asu-Mir-29-P1  Bfl-Mir-29-P1  Bge-Mir-29-P1k  Bge-Mir-29-P1l  Bla-Mir-29-P1  Bta-Mir-29-P1b-v1  Bta-Mir-29-P1b-v2  Bta-Mir-29-P1d7-v1  Bta-Mir-29-P1d7-v2  Bta-Mir-29-P1d8-v1  Bta-Mir-29-P1d8-v2  Cbr-Mir-29-P1  Cel-Mir-29-P1  Cfa-Mir-29-P1b-v1  Cfa-Mir-29-P1b-v2  Cfa-Mir-29-P1d-v1  Cfa-Mir-29-P1d-v2  Cgi-Mir-29-P1  Cli-Mir-29-P1b-v1  Cli-Mir-29-P1b-v2  Cli-Mir-29-P1d-v1  Cli-Mir-29-P1d-v2  Cmi-Mir-29-P1b  Cmi-Mir-29-P1d  Cpi-Mir-29-P1b-v1  Cpi-Mir-29-P1b-v2  Cpi-Mir-29-P1d-v1  Cpi-Mir-29-P1d-v2  Cpo-Mir-29-P1b-v1  Cpo-Mir-29-P1b-v2  Cpo-Mir-29-P1d-v1  Cpo-Mir-29-P1d-v2  Cte-Mir-29-P1  Dan-Mir-29-P1  Dme-Mir-29-P1  Dmo-Mir-29-P1  Dno-Mir-29-P1b-v1  Dno-Mir-29-P1b-v2  Dno-Mir-29-P1d-v1  Dno-Mir-29-P1d-v2  Dre-Mir-29-P1b1  Dre-Mir-29-P1d1  Dre-Mir-29-P1d2  Dsi-Mir-29-P1  Dya-Mir-29-P1  Ebu-Mir-29-P1e  Ebu-Mir-29-P1f  Efe-Mir-29-P1i  Efe-Mir-29-P1j  Esc-Mir-29-P1  Ete-Mir-29-P1b-v1  Ete-Mir-29-P1b-v2  Ete-Mir-29-P1d-v1  Ete-Mir-29-P1d-v2  Gga-Mir-29-P1b-v1  Gga-Mir-29-P1b-v2  Gga-Mir-29-P1d-v1  Gga-Mir-29-P1d-v2  Gja-Mir-29-P1b-v1  Gja-Mir-29-P1b-v2  Gja-Mir-29-P1d-v1  Gja-Mir-29-P1d-v2  Gmo-Mir-29-P1b1  Gmo-Mir-29-P1b2  Gmo-Mir-29-P1d1  Gmo-Mir-29-P1d2  Hme-Mir-29-P1  Hsa-Mir-29-P1b-v1  Hsa-Mir-29-P1b-v2  Hsa-Mir-29-P1d-v1  Hsa-Mir-29-P1d-v2  Lan-Mir-29-P1g  Lan-Mir-29-P1h  Lch-Mir-29-P1b  Lch-Mir-29-P1d  Loc-Mir-29-P1b-v1  Loc-Mir-29-P1b-v2  Loc-Mir-29-P1d  Mal-Mir-29-P1b1-v1  Mal-Mir-29-P1b1-v2  Mal-Mir-29-P1b2-v1  Mal-Mir-29-P1b2-v2  Mal-Mir-29-P1d1  Mal-Mir-29-P1d2-v1  Mal-Mir-29-P1d2-v2  Mdo-Mir-29-P1b-v1  Mdo-Mir-29-P1b-v2  Mdo-Mir-29-P1d-v1  Mdo-Mir-29-P1d-v2  Mml-Mir-29-P1b-v1  Mml-Mir-29-P1b-v2  Mml-Mir-29-P1d-v1  Mml-Mir-29-P1d-v2  Mmu-Mir-29-P1b-v1  Mmu-Mir-29-P1b-v2  Mmu-Mir-29-P1d-v1  Mmu-Mir-29-P1d-v2  Mun-Mir-29-P1b  Mun-Mir-29-P1d-v1  Mun-Mir-29-P1d-v2  Npo-Mir-29-P1  Oan-Mir-29-P1b-v1  Oan-Mir-29-P1b-v2  Oan-Mir-29-P1d-v1  Oan-Mir-29-P1d-v2  Obi-Mir-29-P1  Ocu-Mir-29-P1b-v1  Ocu-Mir-29-P1b-v2  Ocu-Mir-29-P1d-v1  Ocu-Mir-29-P1d-v2  Ovu-Mir-29-P1  Pbv-Mir-29-P1b-v1  Pbv-Mir-29-P1b-v2  Pbv-Mir-29-P1d-v1  Pbv-Mir-29-P1d-v2  Pfl-Mir-29-P1  Pma-Mir-29-P1o1  Pma-Mir-29-P1o2  Pmi-Mir-29-P1  Rno-Mir-29-P1b-v1  Rno-Mir-29-P1b-v2  Rno-Mir-29-P1d5-v1  Rno-Mir-29-P1d5-v2  Rno-Mir-29-P1d6-v1  Rno-Mir-29-P1d6-v2  Sha-Mir-29-P1b-v1  Sha-Mir-29-P1b-v2  Sha-Mir-29-P1d-v1  Sha-Mir-29-P1d-v2  Sko-Mir-29-P1  Spt-Mir-29-P1b  Spt-Mir-29-P1d  Sto-Mir-29-P1b  Sto-Mir-29-P1d  Tca-Mir-29-P1  Tgu-Mir-29-P1b-v1  Tgu-Mir-29-P1b-v2  Tgu-Mir-29-P1d-v1  Tgu-Mir-29-P1d-v2  Tni-Mir-29-P1b1  Tni-Mir-29-P1b2  Tni-Mir-29-P1d1  Tni-Mir-29-P1d2  Xbo-Mir-29-P1  Xla-Mir-29-P1b3  Xla-Mir-29-P1b4  Xla-Mir-29-P1d3  Xla-Mir-29-P1d4  Xtr-Mir-29-P1b-v1  Xtr-Mir-29-P1b-v2  Xtr-Mir-29-P1d 
Node of Origin (locus) Bilateria
Node of Origin (family) Bilateria
Genome context
(Spur_5.0)
AAGJ06000006.1: 22298807-22298871 [+] Ensembl
Clustered miRNAs
(< 50kb from Mir-29-P1)
Mir-29-P1 AAGJ06000006.1: 22298807-22298871 [+] Ensembl
Mir-29-P2 AAGJ06000006.1: 22300868-22300931 [+] Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
AAAGUUUGGAUACCAAUCUUCCUCUACUGCCUGGUUGCAACUGGUGGAUAGUGUUCUGUUGUAGAGUCGAUCUAAGCACCAGUUGAAAUCAGAGCUGUAGGGGAAGACCCUCAUCAUGUGAUGAU
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30         40        50        60 
AAAGUUUGGAUACCAAU--          U  -|     G         GA   UGUUCUGUU 
                   CUUCCUCUAC GC CUGGUU CAACUGGUG  UAG         G
                   GAAGGGGAUG CG GACUAA GUUGACCAC  AUC         U
UAGUAGUGUACUACUCCCA          U  A^     A         GA   UAGCUGAGA 
   120       110       100        90        80        70
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsCNNC at 3p(+17), UGUG in loop
Tissue expression
 +
32 Bl Eg Ga Ov Pl To To
Star sequence

Spu-Mir-29-P1_5p*

mirBase accessionNone
Sequence
0- CUGGUUGCAACUGGUGGAUAG -21
Get sequence
Mature sequence

Spu-Mir-29-P1_3p

mirBase accessionMIMAT0009656
Sequence
43- AAGCACCAGUUGAAAUCAGAGC -65
Get sequence