MirGeneDB ID | Sha-Mir-340-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-340 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUAUAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sha-mir-340 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sha-Mir-340-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-340 Cfa-Mir-340 Cpo-Mir-340 Dno-Mir-340 Ete-Mir-340 Hsa-Mir-340 Mdo-Mir-340 Mml-Mir-340 Mmu-Mir-340 Ocu-Mir-340 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (DEVIL_add) |
GL834730.1: 741072-741130 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-340-v1) |
Mir-340-v1
GL834730.1: 741072-741130 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-340-v2 GL834730.1: 741073-741129 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGACUGGAGAUCUUUAAGAUACAGGGUGUGACUAUAAAGUAAUGAGACUGGUGUUUGUGUGCAGGAUCAGUCUCAUUACUUUAUAGUCAUGCCUUGUAUAUGCUCAUCCUUCAUACUGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGACUGGAGAUCUUUAAG--| GUUUGU AUACAGGGUGUGACUAUAAAGUAAUGAGACUGGU \ UAUGUUCCGUACUGAUAUUUCAUUACUCUGACUA G AGUCAUACUUCCUACUCGUA^ GGACGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | The reverse complement is given in miRBase but the reverse reads are far less abundant than the reads shown here. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Sha-Mir-340-v1_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACUAUAAAGUAAUGAGACUGGU -22
Get sequence
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Star sequence | Sha-Mir-340-v1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0022775 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CAGUCUCAUUACUUUAUAGUCA -59
Get sequence
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