MirGeneDB ID | Rno-Mir-430-P7c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Norway rat (Rattus norvegicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | rno-mir-294 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Rno-Mir-430-P1 Rno-Mir-430-P3 Rno-Mir-430-P4 Rno-Mir-430-P5a Rno-Mir-430-P5b Rno-Mir-430-P5c Rno-Mir-430-P6a Rno-Mir-430-P6b Rno-Mir-430-P7a Rno-Mir-430-P7b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-430-P7 Hsa-Mir-430-P7 Mml-Mir-430-P7 Mmu-Mir-430-P7c Xtr-Mir-430-o7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Muridae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rn6) |
chr1: 64536751-64536808 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P7c) |
Mir-430-P6b
chr1: 64536633-64536691 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P7c chr1: 64536751-64536808 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P5c chr1: 64537114-64537171 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P7b chr1: 64537854-64537910 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P5b chr1: 64538128-64538189 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P7a chr1: 64538418-64538475 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P5a chr1: 64538716-64538773 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGAGGAUCUUGGAAAAACCACCAUAGCCAUGCUCAAAAUGGAGGCCCUAUCUAAGCUUUUAAGUAGAAAGUGCUUCCAUUUUGUGUGUUGCUGUGUGGAAGAAGGCAUCCGGGACUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GGAGGAUCUUGGAAAAA---| C C U C A AAGCU CCAC AUAGC AUGC CAAAAUGGAGGC CU UCU U GGUG UGUCG UGUG GUUUUACCUUCG GA AGA U CUUCAGGGCCUACGGAAGAA^ - U U U A UGAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Rno-Mir-430-P7c_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0012848 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCUCAAAAUGGAGGCCCUAUCU -22
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0012848 TargetScanVert: rno-miR-294 miRDB: MIMAT0012848 |
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Mature sequence | Rno-Mir-430-P7c_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AAAGUGCUUCCAUUUUGUGUGU -58
Get sequence
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