MirGeneDB ID | Rno-Mir-362-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-362 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGCACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Norway rat (Rattus norvegicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | rno-mir-501 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Rno-Mir-362-P1 Rno-Mir-362-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cpo-Mir-362-P3 Hsa-Mir-362-P3 Mml-Mir-362-P3 Mmu-Mir-362-P3 Ocu-Mir-362-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rn6) |
chrX: 16117887-16117946 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-362-P3) |
Mir-188-P2
chrX: 16109880-16109938 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P1 chrX: 16110280-16110339 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P1 chrX: 16117174-16117232 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3 chrX: 16117887-16117946 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 chrX: 16121342-16121402 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUGGGCCUUCUGCUCUGCUCGUCCUCUCUAAUCCUUUGUCCCUGGGUGAAAAUGCUAUUUGUAUGCAAUGCACCCGGGCAAGGAUUUGGGGAAGGUAAGCCUGGUCUGCAUGUGAGGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUGGGCCUUCUGCUCU--| CG C UC U U AAAAUGCUAU GCU UC UCUCUAA CUUUG CCC GGGUG U CGA GG AGGGGUU GGAAC GGG CCCAC U CAGGAGUGUACGUCUGGUC^ AU A UA - - GUAACGUAUG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Rno-Mir-362-P3_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0003116 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAUCCUUUGUCCCUGGGUGAAAAU -24
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003116 TargetScanVert: rno-miR-501-5p miRDB: MIMAT0003116 |
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Mature sequence | Rno-Mir-362-P3_3p |
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mirBase accession | MIMAT0017198 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AAUGCACCCGGGCAAGGAUUUGG -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: rno-miR-501-3p miRDB: MIMAT0017198 |