MirGeneDB ID | Rno-Mir-219-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-219 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAUUGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Norway rat (Rattus norvegicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | rno-mir-219a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Rno-Mir-219-P2-as Rno-Mir-219-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-219 Aca-Mir-219-P2 Ami-Mir-219-P2 Bfl-Mir-219 Bge-Mir-219 Bla-Mir-219 Bta-Mir-219-P2 Bta-Mir-219-P2-as Cfa-Mir-219-P2 Cfa-Mir-219-P2-as Cgi-Mir-219 Cin-Mir-219 Cli-Mir-219-P2 Cmi-Mir-219-P2 Cpi-Mir-219-P2 Cpo-Mir-219-P2 Cpo-Mir-219-P2-as Csc-Mir-219 Cte-Mir-219 Dan-Mir-219 Dma-Mir-219 Dme-Mir-219 Dmo-Mir-219 Dno-Mir-219-P2 Dno-Mir-219-P2-as Dpu-Mir-219 Dre-Mir-219-P2a Dre-Mir-219-P2b Dsi-Mir-219 Dya-Mir-219 Esc-Mir-219 Ete-Mir-219-P2 Gga-Mir-219-P2 Gja-Mir-219-P2 Gmo-Mir-219-P2a Hsa-Mir-219-P2 Hsa-Mir-219-P2-as Isc-Mir-219 Lan-Mir-219 Lch-Mir-219-P2 Loc-Mir-219-P2 Mal-Mir-219-P2a Mal-Mir-219-P2b Mdo-Mir-219-P2 Mml-Mir-219-P2 Mml-Mir-219-P2-as Mmu-Mir-219-P2 Mmu-Mir-219-P2-as Mun-Mir-219-P2 Oan-Mir-219-P2 Obi-Mir-219 Ocu-Mir-219-P2 Ocu-Mir-219-P2-as Ovu-Mir-219 Pbv-Mir-219-P2 Pfl-Mir-219 Pma-Mir-219-o2 Pmi-Mir-219 Sha-Mir-219-P2 Sko-Mir-219 Spt-Mir-219-P2 Spu-Mir-219 Sto-Mir-219-P2 Tca-Mir-219 Tgu-Mir-219-P2 Tni-Mir-219-P2a Tni-Mir-219-P2b Xbo-Mir-219 Xla-Mir-219-P2c Xla-Mir-219-P2d Xtr-Mir-219-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rn6) |
chr3: 8407443-8407507 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-219-P2) |
Mir-219-P2
chr3: 8407443-8407507 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-219-P2-as chr3: 8407445-8407509 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCGGAGCCCUGAACUCAGGGGCUUCACCACUGAUUGUCCAAACGCAAUUCUUGUACGAGUCUGCGGCCAACCGAGAAUUGUGGCUGGACAUCUGUGGUUGAGCUCCGGUCUCAACAGAGACGGGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCGGAGCCCUGAACUCA--| C U U AA UACGAGUC GGGGCUU ACCAC GAU GUCCA CGCAAUUCUUG U CCUCGAG UGGUG CUA CAGGU GUGUUAAGAGC G GGGGCAGAGACAACUCUGG^ U U - CG CAACCGGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | The MIR-219 family shows substantial variation of arm-usage and is currently, across all species, considered a co-mature. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Rno-Mir-219-P2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0000889 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAUUGUCCAAACGCAAUUCUUG -23
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000889 TargetScanVert: rno-miR-219a-5p miRDB: MIMAT0000889 |
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Co-mature sequence | Rno-Mir-219-P2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0005446 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- AGAAUUGUGGCUGGACAUCUGU -65
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005446 TargetScanVert: rno-miR-219a-2-3p miRDB: MIMAT0005446 |