| MirGeneDB ID | Pmi-Mir-2002 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2002 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAAUACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Bat starfish (Patiria miniata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | pmi-mir-2002 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Spu-Mir-2002 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eleutherozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eleutherozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Pmin1) |
JH774080.1: 19493-19552 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2002) |
Mir-2002
JH774080.1: 19493-19552 [+]
Mir-34 JH774080.1: 25823-25887 [+] |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGAAUCUAGGAGAGACUGCCAACUGUCCAGAGGGCCAACAGAGUGUUCCCAUGUGAAUAAAUCAAUGUGAAUACAUCUGCUGGUUCCAUUAGACAGUAUGGCACUAACAGCUUCCCUAGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGAAUCUAGGAGAGACU- - C A - A -| C UGUGAA GCCA ACUGUC AG GG GCCA CAGA GUGUUC CA U CGGU UGACAG UU CC UGGU GUCU CAUAAG GU A UGAUCCCUUCGACAAUCA A A A U C A^ U AACUAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pmi-Mir-2002_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGCCAACAGAGUGUUCCCA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Pmi-Mir-2002_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0032176 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGAAUACAUCUGCUGGUUCCAUU -60
Get sequence
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