MirGeneDB ID | Pfl-Mir-193-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-193 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACUGGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Ptychodera (Ptychodera flava) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pfl-Mir-193-P1c Pfl-Mir-193-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-193-P1 Bge-Mir-193-P1 Cbr-Mir-193-P1-v1 Cbr-Mir-193-P1-v2 Cel-Mir-193-P1-v1 Cel-Mir-193-P1-v2 Cgi-Mir-193-P1 Cte-Mir-193-P1 Dan-Mir-193-P1-v1 Dan-Mir-193-P1-v2 Dan-Mir-193-P1-v3 Dan-Mir-193-P1-v4 Dma-Mir-193-P1 Dme-Mir-193-P1-v1 Dme-Mir-193-P1-v2 Dme-Mir-193-P1-v3 Dme-Mir-193-P1-v4 Dmo-Mir-193-P1-v1 Dmo-Mir-193-P1-v2 Dmo-Mir-193-P1-v3 Dmo-Mir-193-P1-v4 Dpu-Mir-193-P1 Dsi-Mir-193-P1-v1 Dsi-Mir-193-P1-v2 Dsi-Mir-193-P1-v3 Dsi-Mir-193-P1-v4 Dya-Mir-193-P1-v1 Dya-Mir-193-P1-v2 Dya-Mir-193-P1-v3 Dya-Mir-193-P1-v4 Esc-Mir-193-P1 Hme-Mir-193-P1 Isc-Mir-193-P1 Lgi-Mir-193-P1 Npo-Mir-193-P1 Obi-Mir-193-P1 Ovu-Mir-193-P1 Pma-Mir-193-P1 Pmi-Mir-193-P1 Sko-Mir-193-P1d Tca-Mir-193-P1 Xbo-Mir-193-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Pfl) |
LD349275.1: 115517-115576 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUUUGGGGUUGCUCACUGCUUGCGUGAUUUUGGGGUCUCACCGGCCACUAUAUGUUGCUGUGCUCUCAUACUGGCCAGCGAAAUCCCAAAGUCACACAAGCAUUAUCGUCUGCUGACAGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUUUGGGGUUGCUCACU--| C C ACC CUA UUGCU GCUUG GUGAUUUUGGGGU UC GGCCA UAUG G CGAAC CACUGAAACCCUA AG CCGGU AUAC U AGACAGUCGUCUGCUAUUA^ A A CGA C-- UCUCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pfl-Mir-193-P1d_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGGGUCUCACCGGCCACUAUAUG -24
Get sequence
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Mature sequence | Pfl-Mir-193-P1d_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UACUGGCCAGCGAAAUCCCAAA -60
Get sequence
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