MirGeneDB ID | Ocu-Let-7-P2b3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Let-7-P1b Ocu-Let-7-P1c Ocu-Let-7-P1d Ocu-Let-7-P2a1 Ocu-Let-7-P2a2 Ocu-Let-7-P2a3 Ocu-Let-7-P2b1 Ocu-Let-7-P2b2 Ocu-Let-7-P2c1 Ocu-Let-7-P2c2 Ocu-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2b3 Ami-Let-7-P2b3 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2b3 Cfa-Let-7-P2b3 Cgi-Let-7 Cpi-Let-7-P2b3 Cpo-Let-7-P2b3 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2b3 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2b3a Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2b3 Gja-Let-7-P2b3 Gmo-Let-7-P2b3a Gmo-Let-7-P2b3b Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2b3 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2b3 Mal-Let-7-P2b3a Mml-Let-7-P2b3 Mmu-Let-7-P2b3 Mun-Let-7-P2b3 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2b3 Obi-Let-7 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2b3 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2b3 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2b3 Spu-Let-7 Sto-Let-7-P2b3 Tca-Let-7 Tni-Let-7-P2b3a Tni-Let-7-P2b3b Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P2b3c Xla-Let-7-P2b3d Xtr-Let-7-P2b3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chrX: 35039089-35039167 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2b3) |
Let-7-P2b3
chrX: 35039089-35039167 [-]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2a3 chrX: 35040026-35040096 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUUGCUGGAUGACUCUGCUCAUGCCGGGGUGAGGUAGUAAGUUGUAUUGUUGUGGGGUAGGGAUUUUAGGCCCCAAUAAGAAGAUAACUAUACAACUUACUACUUUCCCUGAUGUGUGGCAUGUUCACACUCUUGGCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUUGCUGGAUGACUCU- -| GC U U GUGGGGUAGGGAUUUU GCU CAU CGGGG GAGGUAGUAAGUUGUAU GUU A CGG GUG GUCCC UUUCAUCAUUCAACAUA CAA G ACGGUUCUCACACUUGUA U^ UA - U UAGAAGAAUAACCCCG 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ocu-Let-7-P2b3_5p |
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mirBase accession | MIMAT0048180 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAAGUUGUAUUGUU -22
Get sequence
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Star sequence | Ocu-Let-7-P2b3_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0048181 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
58- CUAUACAACUUACUACUUUCC -79
Get sequence
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