MirGeneDB ID | Oan-Mir-8-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAUACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | oan-mir-200b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Oan-Mir-8-P1b Oan-Mir-8-P2a Oan-Mir-8-P2b Oan-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-8 Aca-Mir-8-P1a Ami-Mir-8-P1a Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P1-v1 Bfl-Mir-8-P1-v2 Bge-Mir-8 Bla-Mir-8-P1 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P1a Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cfa-Mir-8-P1a Cgi-Mir-8 Cin-Mir-8-P1 Cli-Mir-8-P1a Cmi-Mir-8-P1a Cpi-Mir-8-P1a Cpo-Mir-8-P1a Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dno-Mir-8-P1a Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P1a Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P1a Gga-Mir-8-P1a Gja-Mir-8-P1a Gmo-Mir-8-P1a Hme-Mir-8 Hsa-Mir-8-P1a Isc-Mir-8 Lan-Mir-8 Lch-Mir-8-P1a Lgi-Mir-8 Loc-Mir-8-P1a Mal-Mir-8-P1a Mdo-Mir-8-P1a Mml-Mir-8-P1a Mmu-Mir-8-P1a Mun-Mir-8-P1a Npo-Mir-8 Obi-Mir-8 Ocu-Mir-8-P1a Ovu-Mir-8 Pbv-Mir-8-P1a Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Rno-Mir-8-P1a Sha-Mir-8-P1a Sko-Mir-8 Spt-Mir-8-P1a Spu-Mir-8 Sto-Mir-8-P1a Tca-Mir-8 Tgu-Mir-8-P1a Tni-Mir-8-P1a Xla-Mir-8-P1a1 Xla-Mir-8-P1a2 Xtr-Mir-8-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041732.1: 56175576-56175635 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P1a) |
Mir-8-P1a
NC_041732.1: 56175576-56175635 [+]
Mir-8-P2a NC_041732.1: 56177396-56177454 [+] Mir-8-P3a NC_041732.1: 56180410-56180468 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUCCUGAUCUGGAUUCAGGGCCGCCACUACCAUCUUACUGGGCAGCAUUGGAUGAGUUCUGUGUUUCUAAUACUGCCUGGUAAUGAUGAUGGCCGCGGCCCAUACGCAACAACAGAUGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUCCUGAUCUGGAUUCA-- CA C -| UG C UGAGUU GGGCCGC CUA CAUC UUAC GGCAG AUUGGA \ CCCGGCG GGU GUAG AAUG CCGUC UAAUCU C AGGUAGACAACAACGCAUA CC A U^ GU A UUGUGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Oan-Mir-8-P1a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0006937 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUCUUACUGGGCAGCAUUGGA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Oan-Mir-8-P1a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0006938 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAAUACUGCCUGGUAAUGAUGAU -60
Get sequence
|