| MirGeneDB ID | Oan-Mir-135-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-135 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | oan-mir-135b-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Oan-Mir-135-P2 Oan-Mir-135-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-135-P1 Ami-Mir-135-P1 Bta-Mir-135-P1 Cfa-Mir-135-P1 Cli-Mir-135-P1 Cmi-Mir-135-P1 Cpi-Mir-135-P1 Cpo-Mir-135-P1 Dno-Mir-135-P1 Dre-Mir-135-P1 Ete-Mir-135-P1 Gga-Mir-135-P1 Gja-Mir-135-P1 Gmo-Mir-135-P1 Hsa-Mir-135-P1 Lch-Mir-135-P1 Loc-Mir-135-P1 Mal-Mir-135-P1 Mml-Mir-135-P1 Mmu-Mir-135-P1 Mun-Mir-135-P1 Ocu-Mir-135-P1 Pbv-Mir-135-P1 Pma-Mir-135-o1 Rno-Mir-135-P1 Spt-Mir-135-P1 Sto-Mir-135-P1 Tgu-Mir-135-P1 Tni-Mir-135-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041750.1: 16824873-16824932 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-135-P1) |
Mir-135-P1
NC_041750.1: 16824873-16824932 [+]
Let-7-P2c3 NC_041750.1: 16857741-16857818 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGAGGCAGCCACAUGGCCCCGCUGUGCUCUAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGAUCCUGCUGCUCACUCAUAUAGGGAUUGGAGCCGUGCAACACGGAGGGGGGAGGCAGCGGAGAGCAGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGGAGGCAGCCACAUGG--| G CUC UU UCCUGC CCCC CUGUG UAUGGCUUU AUUCCUAUGUGA \ GGGG GGCAC GUGCCGAGG UAGGGAUAUACU U AGACGAGAGGCGACGGAGG^ A AAC U- CACUCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Oan-Mir-135-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0006870 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Oan-Mir-135-P1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0031114 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AUAUAGGGAUUGGAGCCGUGCA -60
Get sequence
|
