| MirGeneDB ID | Oan-Let-7-P2b3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | oan-mir-98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Oan-Let-7-P1b Oan-Let-7-P1c Oan-Let-7-P1d Oan-Let-7-P2a1 Oan-Let-7-P2a2 Oan-Let-7-P2a3 Oan-Let-7-P2a4 Oan-Let-7-P2b1 Oan-Let-7-P2b2 Oan-Let-7-P2b4 Oan-Let-7-P2c1 Oan-Let-7-P2c2 Oan-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2b3 Ami-Let-7-P2b3 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2b3 Cfa-Let-7-P2b3 Cgi-Let-7 Cpi-Let-7-P2b3 Cpo-Let-7-P2b3 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2b3 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2b3a Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2b3 Gja-Let-7-P2b3 Gmo-Let-7-P2b3a Gmo-Let-7-P2b3b Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2b3 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2b3 Mal-Let-7-P2b3a Mml-Let-7-P2b3 Mmu-Let-7-P2b3 Mun-Let-7-P2b3 Npo-Let-7 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2b3 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2b3 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2b3 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2b3 Spu-Let-7 Sto-Let-7-P2b3 Tca-Let-7 Tni-Let-7-P2b3a Tni-Let-7-P2b3b Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P2b3c Xla-Let-7-P2b3d Xtr-Let-7-P2b3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041733.1: 21207381-21207460 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2b3) |
Let-7-P2a3
NC_041733.1: 21206644-21206714 [+]
Let-7-P2b3 NC_041733.1: 21207381-21207460 [+] |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCGUAAGCUGUCAGUGUGCCCAUGCUGGGAUGAGGUAGUAAGUUGUAUUGUUGUGGGGUAGGGAUUUCUUUUGCCCCAAUUAGCGAUAACUAUACAAUUUACUACUUUCCCCAGUGUGUGGAACGAUCACUGGGUCCUAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCGUAAGCUGUCAGUGUG- -| AU U GUGGGGUAGGGAUUUCU CC CAUGCUGGG GAGGUAGUAAGUUGUAU GUU \ GG GUGUGACCC UUUCAUCAUUUAACAUA CAA U GAUCCUGGGUCACUAGCAA U^ C- U UAGCGAUUAACCCCGUU . 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Oan-Let-7-P2b3_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0007178 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGGUAGUAAGUUGUAUUGUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Oan-Let-7-P2b3_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
59- CUAUACAAUUUACUACUUUCC -80
Get sequence
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