| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-9-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-9-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Mir-9-P2 Mmu-Mir-9-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-9-P1 Ami-Mir-9-P1 Bfl-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Bta-Mir-9-P1 Cfa-Mir-9-P1 Cin-Mir-9 Cmi-Mir-9-P1 Cpi-Mir-9-P1 Cpo-Mir-9-P1 Cte-Mir-9 Dno-Mir-9-P1 Dre-Mir-9-P1a Dre-Mir-9-P1b Esc-Mir-9 Ete-Mir-9-P1 Gga-Mir-9-P1 Gja-Mir-9-P1 Gmo-Mir-9-P1a Gmo-Mir-9-P1b Hme-Mir-9-o1 Hsa-Mir-9-P1 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lch-Mir-9-P1 Lgi-Mir-9 Loc-Mir-9-P1 Mal-Mir-9-P1a Mal-Mir-9-P1b Mdo-Mir-9-P1 Mml-Mir-9-P1 Mun-Mir-9-P1 Npo-Mir-9 Oan-Mir-9-P1 Obi-Mir-9 Ocu-Mir-9-P1 Ovu-Mir-9 Pbv-Mir-9-P1 Pma-Mir-9-o1 Pmi-Mir-9 Rno-Mir-9-P1 Sha-Mir-9-P1 Spt-Mir-9-P1 Spu-Mir-9 Sto-Mir-9-P1 Tgu-Mir-9-P1 Tni-Mir-9-P1a Tni-Mir-9-P1b Xbo-Mir-9 Xla-Mir-9-P1c Xla-Mir-9-P1d Xtr-Mir-9-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr7: 79505279-79505340 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGGUGCCGGCGAAUGGGAGGCCCGUUUCUCUCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGAGUGCCACAGAGCCGUCAUAAAGCUAGAUAACCGAAAGUAGAAAUGACUCUCACAACUUCUGCGUGCGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGGUGCCGGCGAAUGGG-- CC -| C G GUGCCA AGG CGUUUCU CU UUUGGUUAUCUAGCU UAUGA C UCU GUAAAGA GA AAGCCAAUAGAUCGA AUACU A UAGCGUGCGUCUUCAACAC CA U^ - A GCCGAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-9-P1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0000142 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA -23
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000142 TargetScanVert: mmu-miR-9-5p miRDB: MIMAT0000142 |
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| Co-mature sequence | Mmu-Mir-9-P1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUAAAGCUAGAUAACCGAAAGUA -62
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000143 TargetScanVert: mmu-miR-9-3p miRDB: MIMAT0000143 |
