MirGeneDB ID | Mmu-Mir-1941-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1941 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGGAGAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-1941 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-1941-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr15: 101369364-101369422 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1941-v2) |
Mir-1941-v1
chr15: 101369363-101369423 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-1941-v2 chr15: 101369364-101369422 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGGAUGAAUGGGGAAAGCCAGCAGGGUGGGAGGGAGAUGCUGGUACAGAGGCUUGGGGUUUUGAGGGCAUCUUAGCAGUAUCUCCCAUCCACCCACCUGGGCAGAAGUCAGCAGGCCACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGGAUGAAUGGGGAAAG--| CA GA G C G GGGG CCAG GGGUGG GGGAGAUGCUG UA AGA GCUU U GGUC CCCACC CCCUCUAUGAC AU UCU CGGG U CACCGGACGACUGAAGACG^ CA UA G - A AGUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-1941-v2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009405 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGGAGAUGCUGGUACAGAGGCUU -24
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0009405 TargetScanVert: mmu-miR-1941-5p miRDB: MIMAT0009405 |
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Star sequence | Mmu-Mir-1941-v2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0009406 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CAUCUUAGCAGUAUCUCCCAUC -59
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0009406 TargetScanVert: mmu-miR-1941-3p miRDB: MIMAT0009406 |