MirGeneDB ID | Mmu-Mir-147-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-147 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUGCGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-147-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-147-v1 Ami-Mir-147-v1 Bta-Mir-147 Cli-Mir-147 Cmi-Mir-147 Cpi-Mir-147-v1 Cpo-Mir-147-v1 Dno-Mir-147-v1 Gga-Mir-147 Hsa-Mir-147-v1 Lch-Mir-147 Loc-Mir-147-v1 Mal-Mir-147-v1 Mdo-Mir-147 Mml-Mir-147 Oan-Mir-147 Ocu-Mir-147 Pbv-Mir-147-v1 Pma-Mir-147 Rno-Mir-147-v1 Spt-Mir-147 Tgu-Mir-147 Tni-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr2: 122640813-122640871 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-147-v1) |
Mir-147-v1
chr2: 122640813-122640871 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-147-v2 chr2: 122640814-122640870 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUCUCUUCCAAAGAACACUCUAUGAAUCUAGUGGAAACAUUUCUGCACAAACUAGAUGUUGAUGCCAGUGUGCGGAAAUGCUUCUGCUACAUUUGUAGGGUUUGCCUGCAUUCUUUGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUCUCUUCCAAAGAACA--| UG C UG A AACUAGAUG CUCUA AAU UAG GAA CAUUUCUGCACA \ GGGAU UUA AUC CUU GUAAAGGCGUGU U AGGUUUCUUACGUCCGUUU^ GU C GU C GACCGUAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Mmu-Mir-147-v1_5p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0017269 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGGAAACAUUUCUGCACAAACU -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-147-5p miRDB: MIMAT0017269 |
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Mature sequence | Mmu-Mir-147-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0004857 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- GUGUGCGGAAAUGCUUCUGCUA -59
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004857 TargetScanVert: mmu-miR-147-3p miRDB: MIMAT0004857 |