MirGeneDB ID | Mml-Mir-450-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-450 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUUGCGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rhesus monkey (Macaca mulatta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mml-mir-450a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mml-Mir-450-P1 Mml-Mir-450-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-450-P2 Cfa-Mir-450-P2 Cpo-Mir-450-P2 Dno-Mir-450-P2 Hsa-Mir-450-P2 Mmu-Mir-450-P2 Ocu-Mir-450-P2 Rno-Mir-450-P2a Rno-Mir-450-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rheMac8_trace) |
chrX: 128512154-128512210 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-450-P2) |
Mir-450-P3
chrX: 128511991-128512048 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-450-P2 chrX: 128512154-128512210 [-] UCSC Ensembl Mir-450-P1 chrX: 128512325-128512381 [-] UCSC Ensembl Mir-542-v1 chrX: 128513154-128513212 [-] UCSC Ensembl Mir-542-v2 chrX: 128513155-128513211 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P2c chrX: 128518112-128518174 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c chrX: 128518445-128518503 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAUAGGCAAUCAAAAAUGAUACUAAACUGUUUUUGCGAUGUGUUCCUAAUAUGUACUAUAAAUAUAUUGGGAACAUUUUGCAUGUGUAGUUUUGUAUCAAUAUACAGAUGAAACGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UAUAGGCAAUCAAAAAU--| U UUUU U GUACU GAUAC AAACUG UGCGA GUGUUCCUAAUAU \ CUAUG UUUGAU ACGUU UACAAGGGUUAUA A UAGCAAAGUAGACAUAUAA^ U GUGU U UAAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mml-Mir-450-P2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0006332 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUUUGCGAUGUGUUCCUAAUAU -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-450a-5p |
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Star sequence | Mml-Mir-450-P2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0026878 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AUUGGGAACAUUUUGCAUGUGU -57
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-450a-1-3p |