| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-34-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-449c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-34-P1 Mdo-Mir-34-P2a Mdo-Mir-34-P2b Mdo-Mir-34-P3b Mdo-Mir-34-P3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-34 Aca-Mir-34-P3d Ami-Mir-34-P3d Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cli-Mir-34-P3d Cmi-Mir-34-P3d Cpi-Mir-34-P3d Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Gga-Mir-34-P3d Gja-Mir-34-P3d Gmo-Mir-34-P3d Isc-Mir-34 Lch-Mir-34-P3d Lgi-Mir-34 Loc-Mir-34-P3d Mal-Mir-34-P3d Mun-Mir-34-P3d Npo-Mir-34 Obi-Mir-34 Ovu-Mir-34 Pbv-Mir-34-P3d Pfl-Mir-34 Pma-Mir-34-P3 Pmi-Mir-34 Sha-Mir-34-P3d Sko-Mir-34 Spt-Mir-34-P3d Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P3d Tca-Mir-34 Tgu-Mir-34-P3d Xbo-Mir-34 Xla-Mir-34-P3d1 Xla-Mir-34-P3d2 Xtr-Mir-34-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
3: 17544591-17544650 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P3d) |
Mir-34-P3d
3: 17544591-17544650 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-34-P3c 3: 17545614-17545674 [-] UCSC Ensembl Mir-34-P3b 3: 17545756-17545815 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCUGGUUUUAGUGUUCACAUGUGGUGAUUGGGCAGUGUAUUGUUAGUUAGCUGUUUUUCAUAAGUGCAGCAACUGCAUACACUUCCAUAUUUCCAUAUGUUCUUUCAUCAGGCCAGUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCUGGUUUUAGUGUUC-- U -| C U U A GUUUUUC ACAUGUGG GAU UGGG AGUGUAU GU AGUU GCU \ UGUAUACC UUA ACCU UCACAUA CG UCAA CGA A UUUGACCGGACUACUUUCU U U^ - - - - CGUGAAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mdo-Mir-34-P3d_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0028580 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGCAGUGUAUUGUUAGUUAGCU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-449c-5p |
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| Star sequence | Mdo-Mir-34-P3d_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0028581 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GCAACUGCAUACACUUCCAUA -60
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-449c-3p |
