| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-30-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-30b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-30-P1a Mdo-Mir-30-P1b Mdo-Mir-30-P1d Mdo-Mir-30-P2b Mdo-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-30-P2a Ami-Mir-30-P2a Bta-Mir-30-P2a Cfa-Mir-30-P2a Cmi-Mir-30-P2a Cpi-Mir-30-P2a Cpo-Mir-30-P2a Dno-Mir-30-P2a Dre-Mir-30-P2a Ete-Mir-30-P2a Gga-Mir-30-P2a Gja-Mir-30-P2a Gmo-Mir-30-P2a Hsa-Mir-30-P2a Lch-Mir-30-P2a Loc-Mir-30-P2a Mal-Mir-30-P2a Mml-Mir-30-P2a Mmu-Mir-30-P2a Mun-Mir-30-P2a Oan-Mir-30-P2a Ocu-Mir-30-P2a Pbv-Mir-30-P2a Rno-Mir-30-P2a Sha-Mir-30-P2a Spt-Mir-30-P2a Sto-Mir-30-P2a Tgu-Mir-30-P2a Tni-Mir-30-P2a Xla-Mir-30-P2a1 Xla-Mir-30-P2a2 Xtr-Mir-30-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
3: 414604734-414604793 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P2a) |
Mir-30-P2a
3: 414604734-414604793 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-30-P1a 3: 414610856-414610917 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAACUGGCCAUUAAUCUGAGUUCCAGUUCAUGUAAACAUCCUACACUCAGCUGUAACACAUGGAUCGGCUGGGAGGUGGAUGUUUACUUCAGCUGACUUGGAAUAACAGCCUAUUAACAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAACUGGCCAUUAAUCU----| UC CAU U A- GUAACA GAGU CAGUU GUAAACAUCC AC CUCAGCU C UUCA GUCGA CAUUUGUAGG UG GGGUCGG A UACAAUUAUCCGACAAUAAGG^ -- CUU - GA CUAGGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mdo-Mir-30-P2a_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0028550 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAACAUCCUACACUCAGCU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-30b-5p |
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| Star sequence | Mdo-Mir-30-P2a_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0028551 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CUGGGAGGUGGAUGUUUACUUC -60
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-30b-3p |
