| MirGeneDB ID | Lgi-Mir-1986 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1986 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGAUUUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | lgi-mir-1986 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cgi-Mir-1986 Cte-Mir-1986 Efe-Mir-1986 Lan-Mir-1986 Npo-Mir-1986 Obi-Mir-1986 Ovu-Mir-1986 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_39: 81755-81811 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1986) |
Mir-1986
LOTGIsca_39: 81755-81811 [-]
Ensembl
Mir-1990 LOTGIsca_39: 82025-82079 [-] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUCGAGAGAAUUUCACCGGCUAUUGUGGGCGCGGAUCGUGGGGGCACCACUCUUACUUUCACGGUGGAUUUCCCAAGAUCCGUGAUUGCAGUUCAGUUGGUAUCGACAGGCAGCUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUUCGAGAGAAUUUCACC --| UG G G CA CUUAC GGCU AUUG G CGCGGAUC UGGGGG CCACU \ UUGA UGAC U GUGCCUAG ACCCUU GGUGG U GUCGACGGACAGCUAUGG CU^ GU A A UA CACUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Lgi-Mir-1986_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGCGGAUCGUGGGGGCACCACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Lgi-Mir-1986_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009728 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UGGAUUUCCCAAGAUCCGUGAU -57
Get sequence
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