MirGeneDB ID | Lan-Mir-10-P1h | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACCCUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Lingula (Lingula anatina) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lan-Mir-10-P1g Lan-Mir-10-P2 Lan-Mir-10-P3 Lan-Mir-10-P4d Lan-Mir-10-P4e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-10-P1-v1 Aae-Mir-10-P1-v2 Asu-Mir-10-P1 Bfl-Mir-10-P1-v1 Bfl-Mir-10-P1-v2 Bge-Mir-10-P1-v1 Bge-Mir-10-P1-v2 Bla-Mir-10-P1-v1 Bla-Mir-10-P1-v2 Cbr-Mir-10-P1 Cel-Mir-10-P1 Cgi-Mir-10-P1 Cte-Mir-10-P1 Dan-Mir-10-P1 Dma-Mir-10-P1-v1 Dma-Mir-10-P1-v2 Dme-Mir-10-P1 Dmo-Mir-10-P1 Dpu-Mir-10-P1-v1 Dpu-Mir-10-P1-v2 Dsi-Mir-10-P1 Dya-Mir-10-P1 Hme-Mir-10-P1-v1 Hme-Mir-10-P1-v2 Isc-Mir-10-P1-v1 Isc-Mir-10-P1-v2 Lgi-Mir-10-P1 Npo-Mir-10-P1 Nve-Mir-10 Pfl-Mir-10-P1 Pmi-Mir-10-P1 Sko-Mir-10-P1 Spu-Mir-10-P1 Tca-Mir-10-P1-v1 Tca-Mir-10-P1-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | L. anatina | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (LinAna_1.0) |
LFEI01000928: 12730-12787 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAAAUCCCAGAUCCCACUCGGCACCAUUUCUACCCUGUAGAUCCGAAUUUGUAUGAUAUUGGAAUACAAAUUCGGUCUAUAGGAUUUCAUGUGGUGUAGGUAAUUCAGCAUUUACUACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAAAUCCCAGAUCCCACUCG- UUCUAC-| U UGAUA GCACCAU CCUGUAGA CCGAAUUUGUA \ UGUGGUG GGAUAUCU GGCUUAAACAU U CAUCAUUUACGACUUAAUGGA UACUUUA^ - AAGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Lan-Mir-10-P1h_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACCCUGUAGAUCCGAAUUUGUA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Lan-Mir-10-P1h_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CAAAUUCGGUCUAUAGGAUUUC -58
Get sequence
|