| MirGeneDB ID | Hme-Mir-6301-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-6301 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Longwing butterfly (Heliconius melpomene) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | hme-mir-6301-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hme-Mir-6301-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | H. melpomene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | H. melpomene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Hmel_1) |
HE671389: 229572-229629 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-6301-P1) |
Mir-6301-P2
HE671389: 229326-229379 [-]
Ensembl
Mir-6301-P1 HE671389: 229572-229629 [-] Ensembl Mir-6302-P2 HE671389: 229935-229991 [-] Ensembl Mir-6302-P1 HE671389: 230471-230526 [-] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAAAUGUAAAGAACAUAUAUCAUGCGAAGUAGCGUCAGACGGGGAAUUGGUAUGUUGCAAGUUCUACCAGUUCAUCGUCUGACGUUUAAGUUCCCAUGAACCUUCAUCAGGACAAAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAAAUGUAAAGAACAUAUA C GU--| GG UGUUG UCAUG GAA AGCGUCAGACG GAAUUGGUA C AGUAC CUU UUGCAGUCUGC CUUGACCAU A GAAAACAGGACUACUUCCA C GAAU^ UA CUUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Hme-Mir-6301-P1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026470 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCGUCAGACGGGGAAUUGGUA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Hme-Mir-6301-P1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0025005 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CCAGUUCAUCGUCUGACGUUUA -58
Get sequence
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