MirGeneDB ID | Gga-Mir-34-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-449b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gga-Mir-34-P1 Gga-Mir-34-P2a Gga-Mir-34-P2b Gga-Mir-34-P3a Gga-Mir-34-P3c Gga-Mir-34-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-34 Ami-Mir-34-P3b Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Bta-Mir-34-P3b Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cfa-Mir-34-P3b Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cli-Mir-34-P3b Cmi-Mir-34-P3b Cpi-Mir-34-P3b Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Ete-Mir-34-P3b Gja-Mir-34-P3b Hsa-Mir-34-P3b Isc-Mir-34 Lch-Mir-34-P3b Lgi-Mir-34 Loc-Mir-34-P3b Mdo-Mir-34-P3b Mml-Mir-34-P3b Mmu-Mir-34-P3b Npo-Mir-34 Oan-Mir-34-P3b Obi-Mir-34 Ocu-Mir-34-P3b Ovu-Mir-34 Pbv-Mir-34-P3b Pfl-Mir-34 Pma-Mir-34-P3 Pmi-Mir-34 Rno-Mir-34-P3b Sha-Mir-34-P3b Sko-Mir-34 Spt-Mir-34-P3b Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P3b Tca-Mir-34 Xbo-Mir-34 Xla-Mir-34-P3b1 Xla-Mir-34-P3b2 Xtr-Mir-34-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
Z: 16703052-16703110 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P3b) |
Mir-34-P3c
Z: 16702892-16702949 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-34-P3b Z: 16703052-16703110 [-] UCSC Ensembl Mir-34-P3a Z: 16704036-16704097 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUCUCACUCUGCACGGACCCUGUGGCUGGAAGGCAGUGUGCUGUUAGCGGCUGCUGUGCUGAAUGGAGCAGUCACUACCACACUGCCACCUGCUGCAGGGAUAGACUACUGCUGUUUGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AUCUCACUCUGCACGGA--| UG U AA CUGU C GUGCU CCCUG GC GG GGCAGUGUG UAG GGCUGCU \ GGGAC CG CC CCGUCACAC AUC CUGACGA G GGUUUGUCGUCAUCAGAUA^ GU U A- C--- A GGUAA 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Gga-Mir-34-P3b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0007743 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGCAGUGUGCUGUUAGCGGCUGCU -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-449b-5p miRDB: MIMAT0007743 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Gga-Mir-34-P3b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0007744 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CAGUCACUACCACACUGCCAC -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-449b-3p miRDB: MIMAT0007744 |