| MirGeneDB ID | Gga-Mir-190-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-190 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAUAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gga-mir-190a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gga-Mir-190-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-190 Aca-Mir-190-P1 Ami-Mir-190-P1 Asu-Mir-190 Bfl-Mir-190 Bge-Mir-190 Bla-Mir-190 Bpl-Mir-190 Bta-Mir-190-P1 Cbr-Mir-190 Cel-Mir-190 Cfa-Mir-190-P1 Cgi-Mir-190 Cli-Mir-190-P1 Cmi-Mir-190-P1 Cpi-Mir-190-P1 Cpo-Mir-190-P1 Cte-Mir-190 Dan-Mir-190 Dma-Mir-190 Dme-Mir-190 Dmo-Mir-190 Dno-Mir-190-P1 Dpu-Mir-190 Dre-Mir-190-P1b Dsi-Mir-190 Dya-Mir-190 Esc-Mir-190 Ete-Mir-190-P1 Gja-Mir-190-P1 Gmo-Mir-190-P1a Gmo-Mir-190-P1b Hme-Mir-190 Hsa-Mir-190-P1 Isc-Mir-190 Lch-Mir-190-P1 Loc-Mir-190-P1 Mal-Mir-190-P1a Mal-Mir-190-P1b Mdo-Mir-190-P1 Mml-Mir-190-P1 Mmu-Mir-190-P1 Mun-Mir-190-P1 Npo-Mir-190 Oan-Mir-190-P1 Obi-Mir-190 Ocu-Mir-190-P1 Ovu-Mir-190 Pbv-Mir-190-P1 Pfl-Mir-190 Pma-Mir-190-o1 Pmi-Mir-190 Rno-Mir-190-P1c Rno-Mir-190-P1d Sha-Mir-190-P1 Sko-Mir-190 Spt-Mir-190-P1 Sto-Mir-190-P1 Tca-Mir-190 Tgu-Mir-190-P1 Tni-Mir-190-P1a Tni-Mir-190-P1b Xbo-Mir-190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
10: 4718420-4718478 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUGGAUGUCUUUUUCUGCAGGACUCUGUGUGAUAUGUUUGAUAUAUUAGGUUGUUAUUUAAUCCAACUAUAUAUCAAACAUAUUCCUACAGUGUCCUGCCCUGUCUCCGGGGGUUUUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UCUGGAUGUCUUUUUCU-- U U-| UA UUAU GCAGGAC CUGUG GAUAUGUUUGAUAUAU GGUUG U CGUCCUG GACAU UUAUACAAACUAUAUA UCAAC U AUUUUGGGGGCCUCUGUCC U CC^ -- CUAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gga-Mir-190-P1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0001155 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAUAUGUUUGAUAUAUUAGGUUG -24
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-190a-5p miRDB: MIMAT0001155 |
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| Star sequence | Gga-Mir-190-P1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026525 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- ACUAUAUAUCAAACAUAUUCCUA -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-190a-3p miRDB: MIMAT0026525 |
