MirGeneDB ID | Dpu-Mir-279-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dpu-Mir-279-o2 Dpu-Mir-279-o3 Dpu-Mir-279-o4 Dpu-Mir-279-o5 Dpu-Mir-279-o6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-279-P1 Bpl-Mir-279 Cgi-Mir-279 Dan-Mir-279-P1 Dma-Mir-279-o1 Dme-Mir-279-P1 Dmo-Mir-279-P1 Dsi-Mir-279-P1 Dya-Mir-279-P1 Esc-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Daphnia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
DAPPUscaffold_32: 69703-69769 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-o1) |
Mir-965
DAPPUscaffold_32: 27782-27843 [-]
Ensembl
Mir-279-o2 DAPPUscaffold_32: 68663-68726 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUCGACUCAAAACUCGGUCGGAUUUCGUCGAUGAGUGGGGAUCGUUAGUCGCGUUGAAAUUUCCUCAUGUUCGUGACUAGAUCUGACACUCGUCCACGACGUCAACCAAAAAUCACCCCAUGUGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGUCGACUCAAAACUCGGUCG-- U C G-| GU UUGAAAUU GAU UCGU GAUGAGUG GGAUC UAGUCGCG U CUG AGCA CUGCUCAC UCUAG AUCAGUGC C GAGUGUACCCCACUAAAAACCAA C C AG^ -- UUGUACUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-279 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the Drosophila Mir-279s relate to the other invertebrate Mir-279s and thus these multiple paralogues in invertebrates are classified here as orphans pending new data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dpu-Mir-279-o1_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAUGAGUGGGGAUCGUUAGUCGCG -24
Get sequence
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Mature sequence | Dpu-Mir-279-o1_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
44- UGACUAGAUCUGACACUCGUCCA -67
Get sequence
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