| MirGeneDB ID | Dme-Mir-973 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-973 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dme-mir-973 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dan-Mir-973 Dmo-Mir-973 Dsi-Mir-973 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
X: 19551546-19551611 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-973) |
Mir-972
X: 19551171-19551226 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-973 X: 19551546-19551611 [+] UCSC Ensembl Mir-974 X: 19551702-19551763 [+] UCSC Ensembl Mir-2499 X: 19557029-19557090 [+] UCSC Ensembl Mir-975 X: 19558768-19558828 [+] UCSC Ensembl Mir-976 X: 19558917-19558975 [+] UCSC Ensembl Mir-977 X: 19559046-19559108 [+] UCSC Ensembl Mir-978-v1 X: 19561251-19561313 [+] UCSC Ensembl Mir-978-v2 X: 19561252-19561312 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUACUUCACUUUACCGUCGUCGACUUUUCGUGGUUGGUGGUUGAACUUCGAUUUUAAGUAUUUAAAUAAAAUGAAAUCUGUUCAUUCUCCGACACAAGAAGUUCACGCAAAGGAGCUGCAGCUGCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUACUUCACUUUACCGU--| C C G U GU UUC AAGUAUUU CGU GACUUUU GUG UUGG G UGAAC GAUUUU \ GCA UUGAAGA CAC AGCC C ACUUG CUAAAG A GCGUCGACGUCGAGGAAAC^ C A - U UU U-- UAAAAUAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dme-Mir-973_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0005489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUUGGUGGUUGAACUUCGAUUUU -25
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005489 TargetScanFly: dme-miR-973 |
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| Star sequence | Dme-Mir-973_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020870 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- AAUCUGUUCAUUCUCCGACACA -66
Get sequence
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