| MirGeneDB ID | Dan-Mir-988 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-988 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCCUUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-988 Dme-Mir-988 Dmo-Mir-988 Dsi-Mir-988 Dya-Mir-988 Hme-Mir-988 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Diptera plus Lepidoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Diptera plus Lepidoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_13266: 2579731-2579788 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-988) |
Mir-281-P1-v1
scaffold_13266: 2568766-2568828 [+]
Ensembl
Mir-281-P1-v2 scaffold_13266: 2568767-2568827 [+] Ensembl Mir-281-P2-v1 scaffold_13266: 2568952-2569020 [+] Ensembl Mir-281-P2-v2 scaffold_13266: 2568953-2569021 [+] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAGUGGAAAGGUGUACUGGACAUUUUGGGUGUGUGAUUUGUGGCAAAGUGAUAGGUAUUUGAUCAUCCCCUUGUUGCAAACCUCACGCCCAAGGUGCUUUCCAACGGCAACAUAUCAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAGUGGAAAGGUGUACU---| A UGA UG AGU AGGUA GG CAUUUUGGGUGUG UUUG GCAA GAU U UC GUGGAACCCGCAC AAAC UGUU CUA U GACUAUACAACGGCAACCUU^ - UCC GU CCC CUAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dan-Mir-988_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGUGAUUUGUGGCAAAGUGAU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dan-Mir-988_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CCCCUUGUUGCAAACCUCACGC -58
Get sequence
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