| MirGeneDB ID | Dan-Mir-3-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-3 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CACUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dan-mir-309 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dan-Mir-3-P1 Dan-Mir-3-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-3-P2a1 Aae-Mir-3-P2a2 Aae-Mir-3-P2b Dma-Mir-3 Dme-Mir-3-P2 Dmo-Mir-3-P2 Dpu-Mir-3 Dsi-Mir-3-P2 Dya-Mir-3-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_13266: 9731119-9731176 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3-P2) |
Mir-3-P2
scaffold_13266: 9731119-9731176 [+]
Ensembl
Mir-3-P1 scaffold_13266: 9731233-9731293 [+] Ensembl Mir-279-P2 scaffold_13266: 9731371-9731449 [+] Ensembl Mir-9-P9 scaffold_13266: 9731536-9731592 [+] Ensembl Mir-2-P5 scaffold_13266: 9731684-9731747 [+] Ensembl Mir-2-P6a scaffold_13266: 9731826-9731883 [+] Ensembl Mir-2-P6b scaffold_13266: 9731970-9732041 [+] Ensembl Mir-2-P6c scaffold_13266: 9732130-9732191 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCGCGAGUUACAAAGUGAAGAUCAUUAUACGACAAACCUUGUUCGGUUUUGCCAAUUUCCUAGCAGCACUGGGUAAAGUUUGUCCUAUAAUCUAUAAAAAAGCCGUCCAGACAUCUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCCGCGAGUUACAAAGUGA-----| CAU C C UU U CCAAU AGAU UAUA GACAAAC UUG CGGU UUG U UCUA AUAU CUGUUUG AAU GUCA GAC U GUCUACAGACCUGCCGAAAAAAUA^ --- C A GG C GAUCC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dan-Mir-3-P2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGACAAACCUUGUUCGGUUUUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dan-Mir-3-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0008453 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- GCACUGGGUAAAGUUUGUCCUA -58
Get sequence
|
