MirGeneDB ID | Dan-Mir-279-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dan-mir-286 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dan-Mir-279-P1 Dan-Mir-279-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-279-P2a Aae-Mir-279-P2b1 Aae-Mir-279-P2b2 Bpl-Mir-279 Cgi-Mir-279 Dma-Mir-279-o2 Dme-Mir-279-P2 Dmo-Mir-279-P2 Dpu-Mir-279-o2 Dsi-Mir-279-P2 Dya-Mir-279-P2 Esc-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Diptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_13266: 9731371-9731449 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-P2) |
Mir-3-P2
scaffold_13266: 9731119-9731176 [+]
Ensembl
Mir-3-P1 scaffold_13266: 9731233-9731293 [+] Ensembl Mir-279-P2 scaffold_13266: 9731371-9731449 [+] Ensembl Mir-9-P9 scaffold_13266: 9731536-9731592 [+] Ensembl Mir-2-P5 scaffold_13266: 9731684-9731747 [+] Ensembl Mir-2-P6a scaffold_13266: 9731826-9731883 [+] Ensembl Mir-2-P6b scaffold_13266: 9731970-9732041 [+] Ensembl Mir-2-P6c scaffold_13266: 9732130-9732191 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUUUUAGCAUCAGAAUUUUAAAAUUGAAUGGCGAUUGUCGGUAUGGUCGCUUUUUCACAAAAAAAUUGGUUACCAACAAGCGAAGUGACUAGACCGAACACUCGUGCUAUAAUUUUAAAAUGUUCAUCAAGCUAAAGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUUUUAGCAUCAGAAU-- AAUG U -| A UUUUCACAAAAAAAU UUUAAAAUUG GCGA UG UCGGU UGGUCGCU U AAAUUUUAAU UGCU AC AGCCA AUCAGUGA G UGAAAUCGAACUACUUGUA AUCG C A^ G AGCGAACAACCAUUG 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dan-Mir-279-P2_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGCGAUUGUCGGUAUGGUCGCU -22
Get sequence
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Mature sequence | Dan-Mir-279-P2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0008444 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
56- UGACUAGACCGAACACUCGUGCU -79
Get sequence
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